Matematikos ir informatikos fakulteto istorijos ištakos siejasi su Vilniaus akademijos (Universiteto) veiklos pradžia 1579 m. Tada Filosofijos fakultete buvo įkurta Matematikos katedra. Per daugiau nei 400 metų Vilniaus universitetas išgyveno kilimą, smukimą, atgijimą ir uždarymą. Universiteto istorija labai turtinga ir prieštaringa, neatsiejama nuo Lietuvos valstybės istorijos, atspindinti visus jos dramatiškus tarpsnius.

1579 m.

1579 m. balandžio 1 d. Lenkijos karalius ir Lietuvos didysis kunigaikštis Steponas Batoras išduoda Vilniaus akademijos atidarymo privilegijų raštą, o spalio 30 d. popiežius Grigalius XIII išleidžia bulę, patvirtinančią Vilniaus kolegijos reorganizavimą į universitetą. Oficialus universiteto pavadinimas – Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu (Jėzaus Draugijos Vilniaus akademija ir universitetas).

Atidarymo metais Filosofijos fakultete buvo įkurta Matematikos katedra.

1795 m.

Vilniaus universitetas buvo pertvarkytas pagal carinės Rusijos valdžios nurodymus, sudaryti keturi fakultetai, ir vienas iš jų – Fizikos-matematikos. Fakultete buvo Aukštosios grynosios matematikos, Fizikos, Chemijos, Gamtos mokslų, Botanikos, Žemės ūkio, Astronomijos, Praktinės astronomijos ir Civilinės architektūros katedros.

1832 m.

Nuslopinus Lietuvos ir Lenkijos visuomenės sukilimą, Rusijos caro Nikolajaus I dekretu universitetas buvo uždarytas.

1919 m.

Po Pirmojo pasaulinio karo, žlugus Rusijos imperijai, atkurti universitetą Vilniuje mėgina besikuriančių Lenkijos ir Lietuvos valstybių valdžios. Tai pavyksta užėmusiems Vilnių lenkams: atkurtas Vilniaus universitetas pavadinamas Stepono Batoro universitetu.

1922 m.

Lietuvos universitetas atkuriamas Lietuvos laikinojoje sostinėje Kaune. Matematikos-gamtos fakultete pradėta rengti matematikus, fizikus ir kt. Šis fakultetas visada turėjo dvi katedras: Geometrijos ir Matematinės analizės.

1930 m. pavadinamas Vytauto Didžiojo universitetu (Universitas Vitoldi Magni).

1939 m.

Vilnius sugrįžta Lietuvai, baigiasi lenkiškasis universiteto raidos tarpsnis – į Vilnių keliasi lietuviškas universitetas, pavadinamas tiesiog Vilniaus universitetu, kuriame 1940 m. buvo Matematikos-gamtos, Humanitarinių mokslų ir Teisių fakultetas.

1940 m.

Kai 1939 m. Vilnius buvo sugrąžintas Lietuvai, tuometinė vadovybė nutarė iš Kauno Vytauto Didžiojo universiteto (įkurto 1922 m.) perkelti Matematikos-gamtos mokslų fakultetą bei Kauno astronomijos observatoriją į Vilniaus universitetą, jungiant su tuo, kas buvo likę iš Stepono Batoro universiteto.

Nuo 1940 m. universitete veikė Matematikos-gamtos mokslų fakultetas, kuriame dirbo dvi katedros: Eksperimentinės ir Teorinės fizikos, taip pat jungtinė Astronomijos observatorija (Vilniaus bei Kauno).

1943 m.

Universiteto uždarymas: didelius sukrėtimus universiteto bendruomenė išgyveno prasidėjus nacių okupacijai. Okupacinės valdžios nurodymu 1941 m. iš darbo buvo atleisti visi žydų tautybės dėstytojai. Universitetas šiek tiek gyvavo iki jo galutinio uždarymo 1943 m.

1944 m.

Nors ir sudėtingomis laikmečio sąlygomis, Universitetas vėl buvo atgaivintas. Nuo 1944 m. iki 1965 m. vienas iš universiteto šakinių padalinių buvo Fizikos-matematikos fakultetas. Jį sudarė devynios katedros: Astronomijos. Bendrosios fizikos, Puslaidininkių fizikos, Radiofizikos, Teorinės fizikos, Matematinės analizės, Geometrijos ir aukštosios matematikos, Tikimybių teorijos ir skaičių teorijos, Skaičiavimo matematikos.

1965 m.

Fizikos-matematikos fakultetas skyla į du: Fizikos fakultetą bei Matematikos ir mechanikos. Matematikos ir mechanikos fakultete veiklą vykdė Matematikos analizės, Geometrijos ir aukštosios matematikos, Tikimybių teorijos ir skaičių teorijos, Skaičiavimo matematikos katedros. 

1971 m.

Matematikos ir mechanikos fakultete pradedama dėstyti Informatika, tuo metu ši specialybė buvo vadinama skaičiavimo mašinų ar programavimo pavadinimais. Įkuriamos Taikomosios matematikos ir Skaičiavimo matematikos katedros.

1978 m.

Matematikos ir mechanikos fakultetas pervadinamas į Matematikos fakultetą.

1999 m.

Informacinių technologijų (IT) spartus augimas skatina ir universiteto modernėjimą. Pradėjus dėstyti informacinius dalykus, vis labiau augo IT programų skaičius, sukūrus katedras, priimtas sprendimas keisti fakulteto pavadinimą. VU Tarybos nutarimu Matematikos fakulteto pavadinimas keičiamas į Matematikos ir informatikos fakulteto. Fakulteto dekanu toliau lieka prof. habil. dr. Feliksas Ivanauskas.

2018 m.

Matematikos ir informatikos fakultetas sujungiamas su Matematikos ir informatikos institutu. Fakultete įsikūrė keturi institutai: Duomenų mokslo ir skaitmeninių technologijų, Informatikos, Matematikos bei Taikomosios matematikos. Institutuose dirba geriausi šalies matematikos, informatikos ir informatikos inžinerijos specialistai.

Prof. dr. Paulius Drungilas nuo 2018 iki dabar

Prof. dr. (HP) Gediminas Stepanauskas nuo 2009 m. iki 2018 m.

Prof. habil. dr. Feliksas Ivanauskas nuo 1998 m. iki 2009 m.