Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

--- superkompiuteris:comsol [2018/11/26 08:31] – eduardas
+++ superkompiuteris:comsol [2019/12/20 09:07] (esamas) – eduardas
@@ Linija 4: / Linija 4: @@
 Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su "**module load**" komanda prieš atliekant skaičiavimus su juo.
   * Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - "**module avail**".
-  * Norint užsikrauti O.Štikonienei tinkamą modulį - "**module load comsol/5.4_s**",
+  * Norint užsikrauti O.Štikonienei ir K.Pilecko tyrimų grupei tinkamą modulį - "**module load comsol/5.4_s**",
   * T.Railai tinkamą Comsol modulį - "**module load comsol/5.4_r**"
@@ Linija 11: / Linija 11: @@
   - Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**"
   - Iš Windows kompiuterio:
-     * Prisijungti prie uosis.mif.vu.lt RDP protokolu {{:superkompiuteris:rdp_uosis.jpg?400|}}
+     * Vidiniame MIF tinkle arba per SSH tunelį prisijungti prie linux1.mif (arba linux2mif)RDP protokolu {{:superkompiuteris:linux1.jpg?600|}}
      * Prisijungti prie Linux serverio {{:superkompiuteris:rdp_uosis_2.jpg?600|}}
      * Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{:superkompiuteris:rdp_uosis_linux.jpg?400|}}
@@ Linija 24: / Linija 24: @@
 {{:superkompiuteris:screenshot_from_2018-10-17_21-30-31.png?800|}}
-**II. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu.** Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu:
+**III. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu.** Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu:
 https://mif.vu.lt/cluster/#login
-**III. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. **
+**IV. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. **
 Skripto pavyzdys:
 <code>
@@ Linija 37: / Linija 37: @@
 #SBATCH -C alpha
 module load comsol/5.4_r
-comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12
+comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 batch -inputfile modelis.mph -outputfile modelio_sprendimas.mph -batchlog modelis.log
-batch -inputfile modelis.mph -batchlog modelis.log
 </code>
@@ Linija 45: / Linija 44: @@
 Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. "job.sh".
-**IV. Sukurti SLURM užduotį:**
+**V. Sukurti SLURM užduotį:**
 <code> sbatch job.sh </code>
@@ Linija 57: / Linija 56: @@
  sbatch job.sh </code>
-**V. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams**, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, atsidaryti su COMSOL ir rezultatus eksportuoti norimu formatu. Arba dar galima iš anksto modelyje sukonfigūruoti eksportavimą į .csv failą (Results -> Export), tokiu atveju rezultatai turėtų atsirasti modelio kataloge po skaičiavimų.
+**VI. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams**, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, atsidaryti su COMSOL ir rezultatus eksportuoti norimu formatu. Arba dar galima iš anksto modelyje sukonfigūruoti eksportavimą į .csv failą (Results -> Export), tokiu atveju rezultatai turėtų atsirasti modelio kataloge po skaičiavimų.