superkompiuteris:comsol
Skirtumai
Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revisionLast revisionBoth sides next revision | ||
superkompiuteris:comsol [2018/11/26 08:29] – eduardas | superkompiuteris:comsol [2019/12/20 08:39] – eduardas | ||
---|---|---|---|
Linija 4: | Linija 4: | ||
Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su " | Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su " | ||
* Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - " | * Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - " | ||
- | * Norint užsikrauti O.Štikonienei tinkamą modulį - " | + | * Norint užsikrauti O.Štikonienei |
* T.Railai tinkamą Comsol modulį - " | * T.Railai tinkamą Comsol modulį - " | ||
- | Comsol pradinių failų paruošimas | + | **I. Comsol pradinių failų paruošimas** gali būti atliekamas pasileidžiant Comsol keliais būdais: |
- Susiinstaliuoti Comsol savo kompiuteryje, | - Susiinstaliuoti Comsol savo kompiuteryje, | ||
- Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**" | - Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**" | ||
- Iš Windows kompiuterio: | - Iš Windows kompiuterio: | ||
- | | + | |
* Prisijungti prie Linux serverio {{: | * Prisijungti prie Linux serverio {{: | ||
* Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{: | * Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{: | ||
Linija 21: | Linija 21: | ||
- | **I.** Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai. Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti " | + | **II. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai.** Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti " |
{{: | {{: | ||
- | **II.** Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu. Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu: | + | **III. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu.** Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu: |
https:// | https:// | ||
- | **III.** Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. | + | **IV. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. |
- | pavyzdys: | + | Skripto |
< | < | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
Linija 37: | Linija 37: | ||
#SBATCH -C alpha | #SBATCH -C alpha | ||
module load comsol/ | module load comsol/ | ||
- | comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 | + | comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 batch -inputfile modelis.mph -batchlog modelis.log |
- | batch -inputfile modelis.mph -batchlog modelis.log | + | |
</ | </ | ||
Linija 45: | Linija 44: | ||
Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. " | Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. " | ||
- | **IV.** Sukurti SLURM užduotį: | + | **V. Sukurti SLURM užduotį:** |
< | < | ||
Linija 57: | Linija 56: | ||
| | ||
- | **V.** Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams, | + | **VI. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams**, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, |
superkompiuteris/comsol.txt · Keista: 2019/12/20 09:07 vartotojo eduardas