superkompiuteris:comsol
Skirtumai
Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revisionNext revisionBoth sides next revision | ||
superkompiuteris:comsol [2018/11/26 07:40] – eduardas | superkompiuteris:comsol [2019/12/13 06:48] – eduardas | ||
---|---|---|---|
Linija 4: | Linija 4: | ||
Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su " | Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su " | ||
* Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - " | * Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - " | ||
- | * Norint užsikrauti O.Štikonienei tinkamą modulį- " | + | * Norint užsikrauti O.Štikonienei |
- | * T.Railai tinkamą Comsol modulį- " | + | * T.Railai tinkamą Comsol modulį - " |
- | 1. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai. Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti " | + | **I. Comsol pradinių failų paruošimas** gali būti atliekamas pasileidžiant Comsol keliais būdais: |
+ | - Susiinstaliuoti Comsol savo kompiuteryje, | ||
+ | - Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**" | ||
+ | - Iš Windows kompiuterio: | ||
+ | * Vidiniame MIF tinkle arba per SSH tunelį prisijungti prie linux1.mif (arba linux2mif)RDP protokolu {{: | ||
+ | * Prisijungti prie Linux serverio {{: | ||
+ | * Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{: | ||
+ | < | ||
+ | module load comsol/ | ||
+ | comsol</ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | **II. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai.** Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti " | ||
{{: | {{: | ||
- | 2. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu. Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu: | + | **III. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu.** Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu: |
https:// | https:// | ||
- | 3. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. | + | **IV. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. |
- | pavyzdys: | + | Skripto |
< | < | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
Linija 22: | Linija 36: | ||
#SBATCH --cpus-per-task=12 | #SBATCH --cpus-per-task=12 | ||
#SBATCH -C alpha | #SBATCH -C alpha | ||
+ | module load comsol/ | ||
comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 | comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 | ||
batch -inputfile modelis.mph -batchlog modelis.log | batch -inputfile modelis.mph -batchlog modelis.log | ||
Linija 30: | Linija 45: | ||
Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. " | Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. " | ||
- | 4. Sukurti SLURM užduotį: | + | **V. Sukurti SLURM užduotį:** |
< | < | ||
Linija 42: | Linija 57: | ||
| | ||
- | 5. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams, | + | **VI. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams**, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, |
- | + | ||
- | + | ||
- | Tai trumpai būtų tiek, pabandykite, | + | |
- | + | ||
- | + | ||
superkompiuteris/comsol.txt · Keista: 2019/12/20 09:07 vartotojo eduardas