Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

--- superkompiuteris:comsol [2018/11/26 08:07] – eduardas
+++ superkompiuteris:comsol [2018/11/26 08:09] – eduardas
@@ Linija 19: / Linija 19: @@
-Prisijungiame prie Superkompiuterio:
-Pasileidžiame Comsol:
-module load comsol/5.4_s
-comsol
+I. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai. Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti "Distribute parameters" opciją (prisegu screenshot'ą). Bet kitokio modelio atveju gali būti ir kažkaip kitaip.
-. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai. Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti "Distribute parameters" opciją (prisegu screenshot'ą). Bet kitokio modelio atveju gali būti ir kažkaip kitaip.
 {{:superkompiuteris:screenshot_from_2018-10-17_21-30-31.png?800|}}
-. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu. Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu:
+II. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu. Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu:
 https://mif.vu.lt/cluster/#login
-. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. Skripto
+III. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. Skripto
 pavyzdys:
 <code>
@@ Linija 41: / Linija 36: @@
 #SBATCH --cpus-per-task=12
 #SBATCH -C alpha
+module load comsol/5.4_r
 comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12
 batch -inputfile modelis.mph -batchlog modelis.log
@@ Linija 49: / Linija 45: @@
 Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. "job.sh".
-. Sukurti SLURM užduotį:
+IV. Sukurti SLURM užduotį:
 <code> sbatch job.sh </code>
@@ Linija 61: / Linija 57: @@
  sbatch job.sh </code>
-. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, atsidaryti su COMSOL ir rezultatus eksportuoti norimu formatu. Arba dar galima iš anksto modelyje sukonfigūruoti eksportavimą į .csv failą (Results -> Export), tokiu atveju rezultatai turėtų atsirasti modelio kataloge po skaičiavimų.
+V. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, atsidaryti su COMSOL ir rezultatus eksportuoti norimu formatu. Arba dar galima iš anksto modelyje sukonfigūruoti eksportavimą į .csv failą (Results -> Export), tokiu atveju rezultatai turėtų atsirasti modelio kataloge po skaičiavimų.
-Tai trumpai būtų tiek, pabandykite, jei kažkas nesigaus - kreipkitės.