superkompiuteris:comsol
Skirtumai
Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revision | ||
superkompiuteris:comsol [2018/11/26 08:05] – eduardas | superkompiuteris:comsol [2019/12/20 09:07] (esamas) – eduardas | ||
---|---|---|---|
Linija 4: | Linija 4: | ||
Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su " | Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su " | ||
* Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - " | * Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - " | ||
- | * Norint užsikrauti O.Štikonienei tinkamą modulį- " | + | * Norint užsikrauti O.Štikonienei |
- | * T.Railai tinkamą Comsol modulį- " | + | * T.Railai tinkamą Comsol modulį - " |
- | Comsol pradinių failų paruošimas | + | **I. Comsol pradinių failų paruošimas** gali būti atliekamas |
- | - Susiinstaliuoti Comsol savo kompiuteryje ir jame sugeneruoti | + | - Susiinstaliuoti Comsol savo kompiuteryje, instaliuojat reikia nurodyti licencijų serverį " |
- Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**" | - Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**" | ||
- Iš Windows kompiuterio: | - Iš Windows kompiuterio: | ||
- | | + | |
- | * Prisijungti prie Linux serverio {{: | + | * Prisijungti prie Linux serverio {{: |
* Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{: | * Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{: | ||
< | < | ||
Linija 19: | Linija 19: | ||
- | Prisijungiame prie Superkompiuterio: | ||
- | |||
- | Pasileidžiame Comsol: | ||
- | module load comsol/ | ||
- | comsol | ||
- | 1. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai. Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti " | + | **II. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai.** Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti " |
{{: | {{: | ||
- | 2. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu. Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu: | + | **III. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu.** Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu: |
https:// | https:// | ||
- | 3. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. | + | **IV. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. |
- | pavyzdys: | + | Skripto |
< | < | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
Linija 41: | Linija 36: | ||
#SBATCH --cpus-per-task=12 | #SBATCH --cpus-per-task=12 | ||
#SBATCH -C alpha | #SBATCH -C alpha | ||
- | comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 | + | module load comsol/ |
- | batch -inputfile modelis.mph -batchlog modelis.log | + | comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 batch -inputfile modelis.mph -outputfile modelio_sprendimas.mph -batchlog modelis.log |
</ | </ | ||
Linija 49: | Linija 44: | ||
Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. " | Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. " | ||
- | 4. Sukurti SLURM užduotį: | + | **V. Sukurti SLURM užduotį:** |
< | < | ||
Linija 61: | Linija 56: | ||
| | ||
- | 5. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams, | + | **VI. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams**, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, |
- | + | ||
- | + | ||
- | Tai trumpai būtų tiek, pabandykite, | + | |
- | + | ||
- | + | ||
superkompiuteris/comsol.txt · Keista: 2019/12/20 09:07 vartotojo eduardas