Vartotojo įrankiai

Svetainės įrankiai


hpc

Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

Nuorodą į šį lyginimo vaizdą

Abiejų pusių ankstesnis pataisymasPrevious revision
Kitas pataisymas
Previous revision
hpc [2026/05/08 13:05] – [PST eilės (partition)] rolnashpc [2026/09/10 10:47] (esamas) – [PST eilės (partition)] rolnas
Linija 6: Linija 6:
  
 ^Pavadinimas ^Mazgai ^CPU ^GPU ^RAM        ^HDD    ^Tinklas ^Pastabos| ^Pavadinimas ^Mazgai ^CPU ^GPU ^RAM        ^HDD    ^Tinklas ^Pastabos|
-^main/main2  ^35/36  ^48  ^0   ^384GiB     ^1.5TB/233GB ^1Gbit/s, 2x10Gbit/s, 4xEDR(100Gbit/s) infiniband ^[[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/192447/intel-xeon-gold-6252-processor-35-75m-cache-2-10-ghz.html|CPU]]|+^main/main2  ^35/36  ^48  ^0   ^384GiB     ^1.5TB/466GB ^1Gbit/s, 2x10Gbit/s, 4xEDR(100Gbit/s) infiniband ^[[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/192447/intel-xeon-gold-6252-processor-35-75m-cache-2-10-ghz.html|CPU]]|
 ^gpu/gpu2    ^2/3    ^40  ^8xV100   ^512GB/32GB  ^7TB   ^2x10Gbit/s, 4xEDR(100Gbit/s) infiniband ^[[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/91753/intel-xeon-processor-e5-2698-v4-50m-cache-2-20-ghz.html|CPU]] [[https://en.wikipedia.org/wiki/Nvidia_DGX#DGX-1|NVIDIA DGX-1]]| ^gpu/gpu2    ^2/3    ^40  ^8xV100   ^512GB/32GB  ^7TB   ^2x10Gbit/s, 4xEDR(100Gbit/s) infiniband ^[[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/91753/intel-xeon-processor-e5-2698-v4-50m-cache-2-20-ghz.html|CPU]] [[https://en.wikipedia.org/wiki/Nvidia_DGX#DGX-1|NVIDIA DGX-1]]|
 ^power       ^0/   ^32  ^4   ^1024GB/32GB ^1.8TB ^2x10Gbit/s, 4xEDR(100Gbit/s) infiniband ^[[https://www.ibm.com/products/power-systems-ac922|IBM Power System AC922]]| ^power       ^0/   ^32  ^4   ^1024GB/32GB ^1.8TB ^2x10Gbit/s, 4xEDR(100Gbit/s) infiniband ^[[https://www.ibm.com/products/power-systems-ac922|IBM Power System AC922]]|
Linija 18: Linija 18:
 ====== Programinė įranga ====== ====== Programinė įranga ======
  
-**main** ir **gpu** yra instaliuota [[https://docs.qlustar.com/Qlustar/13/HPCstack/hpc-user-manual.html|Qlustar 13]] operacinė sistema (OS) su Linux branduoliu. Ji yra sukurta Ubuntu 22.04 LTS pagrindu. **power** yra instaliuota Ubuntu 18.04 LTS. Deja šiuo metu **power** dalis **neveikia**.+**main** ir **gpu** yra instaliuota [[https://docs.qlustar.com/Qlustar/14/HPCstack/hpc-user-manual.html|Qlustar 14]] operacinė sistema (OS) su Linux branduoliu. Ji yra sukurta Ubuntu 24.04 LTS pagrindu.  
 + 
 +**power** yra instaliuota Ubuntu 18.04 LTS. Deja šiuo metu **power** dalis **neveikia**.
  
 Instaliuotų OS paketų sąrašą galite pasitikrinti su komanda ''dpkg -l'' (prisijungimo mazge **hpc** arba **power** mazguose). Instaliuotų OS paketų sąrašą galite pasitikrinti su komanda ''dpkg -l'' (prisijungimo mazge **hpc** arba **power** mazguose).
Linija 28: Linija 30:
 Su singularity galite paruošti savo konteinerį, pvz: Su singularity galite paruošti savo konteinerį, pvz:
 <code shell> <code shell>
-$ singularity build --sandbox /tmp/python docker://python:3.10+$ singularity build --sandbox /tmp/python docker://python:3.12
 $ mkdir ~/workdir /tmp/python/scratch $ mkdir ~/workdir /tmp/python/scratch
 $ singularity exec -H ~/workdir:$HOME -w /tmp/python pip install paketas $ singularity exec -H ~/workdir:$HOME -w /tmp/python pip install paketas
Linija 45: Linija 47:
 Jeigu reikia papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/superuser teisių. Su fakeroot jas simuliuojame, o jam reikalingą biblioteką ''libfakeroot-sysv.so'' kopijuojame į konteinerį, pvz: Jeigu reikia papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/superuser teisių. Su fakeroot jas simuliuojame, o jam reikalingą biblioteką ''libfakeroot-sysv.so'' kopijuojame į konteinerį, pvz:
 <code shell> <code shell>
-$ singularity build --sandbox /tmp/python docker://ubuntu:22.04+$ singularity build --sandbox /tmp/python docker://ubuntu:24.04
 $ cp /libfakeroot-sysv.so /tmp/python/ $ cp /libfakeroot-sysv.so /tmp/python/
 $ mkdir /tmp/python/scratch $ mkdir /tmp/python/scratch
Linija 101: Linija 103:
  
 Pirmą kartą prisijungus jūs **negalėsite** paleisti **SLURM užduočių** per pirmąsias **5 minutes**. Po to jums bus automatiškai sukurtas **SLURM naudotojas** ir priskirti **resursų limitai**. Pirmą kartą prisijungus jūs **negalėsite** paleisti **SLURM užduočių** per pirmąsias **5 minutes**. Po to jums bus automatiškai sukurtas **SLURM naudotojas** ir priskirti **resursų limitai**.
 +
 +Papildomas prisijungimo serveris **sk2.mif.vu.lt** gali būti naudojamas kai pagrindinis **hpc.mif.vu.lt** neveikia (pranešti į [[itpagalba@mif.vu.lt]]).
  
 ====== Bendra failų sistema (Lustre) ====== ====== Bendra failų sistema (Lustre) ======
Linija 115: Linija 119:
  
 ^Eilė (partition) ^Laiko limitas ^RAM    ^Pastabos| ^Eilė (partition) ^Laiko limitas ^RAM    ^Pastabos|
-^main             ^nėra          ^7500MB  ^CPU telkinys|+^main             ^nėra          ^7300MB  ^CPU telkinys|
 ^gpu              ^nėra          ^12500MB ^GPU telkinys| ^gpu              ^nėra          ^12500MB ^GPU telkinys|
 ^power            ^nėra          ^8000MB  ^IBM Power9 telkinys| ^power            ^nėra          ^8000MB  ^IBM Power9 telkinys|
 +^main2            ^nėra          ^7300MB  ^CPU telkinys|
 ^gpu2             ^nėra          ^12500MB ^GPU telkinys| ^gpu2             ^nėra          ^12500MB ^GPU telkinys|
  
Linija 124: Linija 129:
 **RAM** stulpelyje yra pateikiamas kiekvienam rezervuotam **CPU** branduoliui skiriamas RAM kiekis. **RAM** stulpelyje yra pateikiamas kiekvienam rezervuotam **CPU** branduoliui skiriamas RAM kiekis.
  
 +**main2** telkinys turi mažiau lokalaus disko.
 **gpu2** esantis serveris prie didelio apkrovimo gali pakibti. **gpu2** esantis serveris prie didelio apkrovimo gali pakibti.
 ====== Paketinis užduočių vykdymas (SLURM) ====== ====== Paketinis užduočių vykdymas (SLURM) ======
Linija 272: Linija 278:
  
 <code> <code>
-sshare -l -A USERNAME_mif -p -o GrpTRESRaw,TRESRunMins+sshare -l -A USERNAME_mif -p -o GrpTRESMins,GrpTRESRaw,TRESRunMins
 </code> </code>
  
 kur **USERNAME** - MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą paskyrą, kurios naudojimą reikia pažiūrėti. Duomenys yra pateikiami cpu/gpu minutėmis:  kur **USERNAME** - MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą paskyrą, kurios naudojimą reikia pažiūrėti. Duomenys yra pateikiami cpu/gpu minutėmis: 
 +  * **GrpTRESMins** - resursų limitai (mato tik adminai). 
   * **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota.    * **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota. 
   * **TRESRunMins** - rezervuoti resursai vis dar vykdomų užduočių.   * **TRESRunMins** - rezervuoti resursai vis dar vykdomų užduočių.
Linija 333: Linija 340:
   * [[http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/|MPI standartas]]   * [[http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/|MPI standartas]]
   * [[https://chtc.cs.wisc.edu/uw-research-computing/hpc-spack-install|Install Software Using Spack]]   * [[https://chtc.cs.wisc.edu/uw-research-computing/hpc-spack-install|Install Software Using Spack]]
-  * [[pagalba@mif.vu.lt]] - problemų su **HPC** registracija+  * [[itpagalba@mif.vu.lt]] - problemų su **HPC** registracija
  
hpc.1778245536.txt.gz · Keista: vartotojo rolnas

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki