hpc
Skirtumai
Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revision | ||
hpc [2022/09/30 07:41] – [Nuorodos] rolnas | hpc [2024/02/21 12:50] (esamas) – [Singularity] rolnas | ||
---|---|---|---|
Linija 16: | Linija 16: | ||
====== Programinė įranga ====== | ====== Programinė įranga ====== | ||
- | **main** ir **gpu** yra instaliuota [[https:// | + | **main** ir **gpu** yra instaliuota [[https:// |
Instaliuotų OS paketų sąrašą galite pasitikrinti su komanda '' | Instaliuotų OS paketų sąrašą galite pasitikrinti su komanda '' | ||
+ | |||
+ | ===== Singularity ===== | ||
Su komanda [[https:// | Su komanda [[https:// | ||
Linija 25: | Linija 27: | ||
<code shell> | <code shell> | ||
$ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | $ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | ||
- | $ singularity exec -w /tmp/python pip install paketas | + | $ mkdir ~/workdir |
+ | $ singularity exec -H ~/ | ||
$ singularity build python.sif /tmp/python | $ singularity build python.sif /tmp/python | ||
$ rm -rf /tmp/python | $ rm -rf /tmp/python | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | Tam kad pasinaudoti tokiu konteineriu, | ||
+ | <code shell> | ||
+ | $ mkdir ~/workdir | ||
+ | $ singularity exec -H ~/ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, | Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, | ||
Jeigu reikia papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/ | Jeigu reikia papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/ | ||
<code shell> | <code shell> | ||
- | $ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | + | $ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// |
$ cp / | $ cp / | ||
$ fakeroot -l / | $ fakeroot -l / | ||
Linija 42: | Linija 52: | ||
$ rm -rf /tmp/python | $ rm -rf /tmp/python | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | ===== Hadoop ===== | ||
Kataloge ''/ | Kataloge ''/ | ||
+ | |||
+ | ===== JupyterHub ===== | ||
Su [[https:// | Su [[https:// | ||
<code shell> | <code shell> | ||
- | $ python3.7 -m pip install --upgrade pip setuptools wheel | + | $ python3.8 -m pip install --upgrade pip setuptools wheel |
- | $ python3.7 -m pip install --ignore-installed batchspawner jupyterlab | + | $ python3.8 -m pip install --ignore-installed batchspawner jupyterlab |
</ | </ | ||
Linija 97: | Linija 111: | ||
^Eilė (partition) ^Laiko limitas ^RAM | ^Eilė (partition) ^Laiko limitas ^RAM | ||
- | ^main ^7d | + | ^main ^nėra |
- | ^gpu ^48h ^12000MB | + | ^gpu ^nėra |
- | ^power | + | ^power |
- | Visose eilėse užduotims laiko limitas yra **2h**, jei jis nebuvo nurodytas, o lentelėje yra pateiktas maksimalus leidžiamas laiko limitas. | + | Visose eilėse užduotims laiko limitas yra **2h**, jei jis nebuvo nurodytas, o lentelėje yra pateiktas maksimalus leidžiamas laiko limitas |
**RAM** stulpelyje yra pateikiamas kiekvienam rezervuotam **CPU** branduoliui skiriamas RAM kiekis. | **RAM** stulpelyje yra pateikiamas kiekvienam rezervuotam **CPU** branduoliui skiriamas RAM kiekis. |
hpc.txt · Keista: 2024/02/21 12:50 vartotojo rolnas