IT wiki

VU MIF STSC

User Tools

Site Tools

Kelias:
hpc

Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
Next revisionBoth sides next revision
hpc [2022/04/15 10:41] – [Registracija] grikietehpc [2022/07/18 15:01] – [Resursų limitai] grikiete
Linija 69: Linija 69:
 Norint prisijungti prie **PST** reikia naudoti SSH programas (ssh, putty, winscp, mobaxterm) ir Kerberos arba SSH raktų autentikaciją. Norint prisijungti prie **PST** reikia naudoti SSH programas (ssh, putty, winscp, mobaxterm) ir Kerberos arba SSH raktų autentikaciją.
  
-Jeigu naudojate Kerberos:+Jeigu naudojate **Kerberos**:
  
-  * Prisijungiate į Linux aplinką VU MIF klasėje arba viešame terminale savo VU MIF naudotojo vardu ir slaptažodžiu +  * Prisijunkite į Linux aplinką VU MIF klasėje arba viešame terminale su savo VU MIF naudotojo vardu ir slaptažodžiu 
-  *  **arba** su ssh ar putty programa prisijungiate į **uosis.mif.vu.lt** savo VU MIF naudotojo vardu ir slaptažodžiu. +  *  **arba** su ssh ar putty programa prisijunkite į **uosis.mif.vu.lt** su savo VU MIF naudotojo vardu ir slaptažodžiu. 
-  * Su komanda **klist** patikrinkite ar turite galiojantį Kerberos raktą (ticket). Jei rakto nėra arba jo galiojimo laikas pasibaigęs, tai reikia įvykdyti komandą **kinit**. +  * Su komanda **klist** patikrinkite, ar turite galiojantį Kerberos raktą (ticket). Jei rakto nėra arba jo galiojimo laikas pasibaigęs, tai reikia įvykdyti komandą **kinit**. 
-  * Jungiatės į mazgą **hpc** su komanda **ssh hpc** (turi nereikalauti slaptažodžio).+  * Junkitės į mazgą **hpc** su komanda **ssh hpc** (turi nereikalauti slaptažodžio).
   * **Pirmą kartą** prisijungus turi praeiti **5min**, kad galėtumėte naudotis PST.   * **Pirmą kartą** prisijungus turi praeiti **5min**, kad galėtumėte naudotis PST.
  
-Jeigu naudojate SSH raktus (pvz: jei norite kopijuoti didelius failus):+Jeigu naudojate **SSH raktus** (pvz: jei norite kopijuoti didelius failus):
   * Jei neturite SSH raktų, instrukciją kaip juos susikurti Windows aplinkoje rasite **[[duk:ssh_key|čia]]**   * Jei neturite SSH raktų, instrukciją kaip juos susikurti Windows aplinkoje rasite **[[duk:ssh_key|čia]]**
   *     Prieš naudodami šį būdą, reikia bent kartą prisijungti su Kerberos ir PST failų sistemoje susikurti ''~/.ssh'' katalogą ir į jį įdėti savo **ssh viešąjį raktą** (OpenSSH formatu) į failą ''~/.ssh/authorized_keys''.   *     Prieš naudodami šį būdą, reikia bent kartą prisijungti su Kerberos ir PST failų sistemoje susikurti ''~/.ssh'' katalogą ir į jį įdėti savo **ssh viešąjį raktą** (OpenSSH formatu) į failą ''~/.ssh/authorized_keys''.
-  *     Prisijungiate su **ssh**, **sftp**, **scp**, **putty**, **winscp** ar kitomis **ssh** protokolą palaikančiomis programomis į **hpc.mif.vu.lt** su savo **ssh privačiu raktu** nurodydami savo VU MIF naudotojo vardą (turi nereikalauti prisijungimo slaptažodžio, bet gali reikalauti jūsų ssh privataus rakto slaptažodžio).+  *     Prisijunkite su **ssh**, **sftp**, **scp**, **putty**, **winscp** ar kitomis **ssh** protokolą palaikančiomis programomis į **hpc.mif.vu.lt** su savo **ssh privačiu raktu** nurodydami savo VU MIF naudotojo vardą (turi nereikalauti prisijungimo slaptažodžio, bet gali reikalauti jūsų ssh privataus rakto slaptažodžio).
  
 Pirmą kartą prisijungus jūs **negalėsite** paleisti **SLURM užduočių** per pirmąsias **5 minutes**. Po to jums bus automatiškai sukurtas **SLURM naudotojas** ir priskirti **resursų limitai**. Pirmą kartą prisijungus jūs **negalėsite** paleisti **SLURM užduočių** per pirmąsias **5 minutes**. Po to jums bus automatiškai sukurtas **SLURM naudotojas** ir priskirti **resursų limitai**.
Linija 170: Linija 170:
 ====== Interaktyvios užduotys (SLURM) ====== ====== Interaktyvios užduotys (SLURM) ======
  
-Interaktyvias užduotis galima pradėti vykdyti su komanda srun:+Interaktyvias užduotis galima vykdyti su komanda srun:
  
 <code> <code>
Linija 190: Linija 190:
 $ ssh -X hpc $ ssh -X hpc
 $ srun --pty $SHELL $ srun --pty $SHELL
 +</code>
 +
 +**power** telkinyje interaktyvias užduotis galima vykdyti su
 +
 +<code>
 +$ srun -p power --mpi=none --pty $SHELL
 </code> </code>
  
Linija 231: Linija 237:
 </code> </code>
  
-Tai naudos visus paskirtus procesorius, pagal tai, kiek jų buvo užsakyta. Jeigu norima pasinaudoti mažiau, tai **mpirun** galima nurodyti parametrą ''-np kiekis''. Nepageidaujama ilgesniam laikui naudoti mažiau, nei rezervuota, nes neišnaudoti CPU lieka laisvi. Didesnį kiekį, nei rezervuotą, yra griežtai draudžiama naudoti, nes tai gali turėti įtakos kitų užduočių vykdymui.+Bus naudojami visi paskirti procesoriai pagal tai, kiek jų buvo užsakyta. Jeigu norite panaudoti mažiau, tai **mpirun** nurodykite parametrą ''-np kiekis''. Nerekomenduojama ilgesnį laiką naudoti mažiau nei rezervuota, nes neišnaudoti CPU lieka laisvi.  
 + 
 +**DĖMESIO:** griežtai draudžiama naudoti didesnį kiekį CPU nei buvo rezervuotą, nes tai gali turėti įtakos kitų užduočių vykdymui.
  
 Daugiau apie instaliuotą **OpenMPI** yra [[https://www.open-mpi.org|OpenMPI]] puslapyje. Daugiau apie instaliuotą **OpenMPI** yra [[https://www.open-mpi.org|OpenMPI]] puslapyje.
Linija 239: Linija 247:
   * Prašome išnaudoti ne mažiau 50% užsakyto CPU kiekio.   * Prašome išnaudoti ne mažiau 50% užsakyto CPU kiekio.
   * Naudoti daugiau CPU, nei užsakyta, nepadidins efektyvumo, nes jūsų užduotis galės naudoti tik tiek CPU, kiek buvo užsakyta.   * Naudoti daugiau CPU, nei užsakyta, nepadidins efektyvumo, nes jūsų užduotis galės naudoti tik tiek CPU, kiek buvo užsakyta.
-  * Jeigu naudosite parametrą ''--mem=X'', tai užduotis gali rezervuoti daugiau **CPUs** proporcingai norimos atminties kiekiui. Pvz: užsakius ''--mem=14000'' eilėje **main**, bus užsakyti ne mažiau 2 CPUs, jei kiti parametrai nenurodo daugiau. Jeigu jūsų užduotis naudos mažiau, tai bus neefektyvus resursų naudojimas, be to tai gali veikti lėčiau, nes gali būti naudojama kita, nei vykdančio, procesoriaus atmintis.+  * Jeigu naudosite parametrą ''--mem=X'', tai užduotis gali rezervuoti daugiau **CPUs** proporcingai norimos atminties kiekiui. Pvz: užsakius ''--mem=14000'' eilėje **main**, bus užsakyti ne mažiau 2 CPUs, jei kiti parametrai nenurodo daugiau. Jeigu jūsų užduotis naudos mažiau CPU, tai bus neefektyvus resursų naudojimas. Be to, gali veikti netgi lėčiau, nes gali būti naudojama kita (nei vykdančio) procesoriaus atmintis.
  
 ====== Resursų limitai ====== ====== Resursų limitai ======
  
-Jeigu jūsų užduotys nestartuoja su priežastimi **AssocGrpCPUMinutesLimit** arba **AssocGrpGRESMinutes**, +Jeigu jūsų užduotys nestartuoja dėl **AssocGrpCPUMinutesLimit** arba **AssocGrpGRESMinutes** priežasties, 
- tai pasitikrinkite ar užduotims dar liko neišnaudotų CPU/GPU resursų iš (mėnesio) limito.+ turite pasitikrinti, ar užduotims dar liko neišnaudotų CPU/GPU resursų iš mėnesio limito.
  
-Peržiūrėti kiek išnaudota resursų+//Pirmasis būdas peržiūrėti, kiek išnaudota resursų://
  
 <code> <code>
Linija 252: Linija 260:
 </code> </code>
  
-kur **USERNAME** jūsų MIF naudotojo vardas, o **Start** ir **End** nurodo einamojo mėnesio pradžios ir pabaigos datas. Jas galima nurodyti ir kaip ''$(date +%m01)'' ir ''$(date +%m31)'', kas nurodo einamojo mėnesio pirmą ir paskutines dienas.+kur **USERNAME** - jūsų MIF naudotojo vardas, o **Start** ir **End** nurodo einamojo mėnesio pradžios ir pabaigos datas. Jas galima nurodyti ir kaip ''$(date +%m01)'' ir ''$(date +%m31)'', kas nurodo einamojo mėnesio pirmą ir paskutinę dienas.
  
-Atkreipkite dėmesį, kad naudojimas pateikiamas minutėmis, o į valandas konvertuoti reikia dalinant iš 60.+**DĖMESIO**: naudojimas pateikiamas minutėmis, pateiktą skaičių reikia dalinti iš 60, gausite išnaudotas valandas.
  
-Kitas būdas pažiūrėti limitus ir jų išnaudojimą+//Antrasis būdas peržiūrėti, kiek išnaudota resursų://
  
 <code> <code>
Linija 262: Linija 270:
 </code> </code>
  
-kur **USERNAME** MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą sąskaitą (account), kurio naudojimą norima pažiūrėti. Duomenys pateikiami minutėmis. **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota. **GrpTRESMins** - koks yra limitas. **TRESRunMins** - likę resursai dar vis vykdomų užduočių.+kur **USERNAME** - MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą paskyrą, kurios naudojimą reikia pažiūrėti. Duomenys yra pateikiami taip pat minutėmis:  
 +  * **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota.  
 +  * **GrpTRESMins** - koks yra limitas.  
 +  * **TRESRunMins** - likę resursai dar vis vykdomų užduočių.
  
 ====== Mokymų medžiaga ====== ====== Mokymų medžiaga ======
Linija 313: Linija 324:
   * [[https://docs.qlustar.com/Qlustar/11.0/HPCstack/hpc-user-manual.html|HPC User Manual (Qlustar)]]   * [[https://docs.qlustar.com/Qlustar/11.0/HPCstack/hpc-user-manual.html|HPC User Manual (Qlustar)]]
   * [[http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/|MPI standartas]]   * [[http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/|MPI standartas]]
-  * pagalba@mif.vu.lt - problemų su **HPC** registracija+  * [[pagalba@mif.vu.lt]] - problemų su **HPC** registracija
  
hpc.txt · Keista: 2024/02/21 12:50 vartotojo rolnas
Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki