IT wiki

VU MIF STSC

User Tools

Site Tools


hpc

Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision
Previous revision
Next revisionBoth sides next revision
hpc [2022/02/24 10:34] – [Registracija] rolnashpc [2022/03/31 09:24] mif04031
Linija 31: Linija 31:
 Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, kuriuose paketams instaliuoti nereikia naudotojo root teisių. Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, kuriuose paketams instaliuoti nereikia naudotojo root teisių.
  
-Jeigu norima papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/superuser teisių. Su fakeroot jas simuliuojame, o jam reikalingas bibliotekas kataloge ''/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot'' prikabiname į konteinerį, pvz:+Jeigu norima papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/superuser teisių. Su fakeroot jas simuliuojame, o jam reikalingą biblioteką ''libfakeroot-sysv.so'' kopijuojame į konteinerį, pvz:
 <code shell> <code shell>
 $ singularity build --sandbox /tmp/python docker://ubuntu:18.04 $ singularity build --sandbox /tmp/python docker://ubuntu:18.04
-mkdir /tmp/python/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot +cp /libfakeroot-sysv.so /tmp/python/ 
-$ fakeroot singularity exec -/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get update +$ fakeroot -/libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get update 
-$ fakeroot singularity exec -/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get install python3.8 ... +$ fakeroot -/libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get install python3.8 ... 
-$ fakeroot singularity exec -/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get clean +$ fakeroot -/libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get clean 
-$ rm -rf /tmp/python/var/lib/apt/lists (galima ir daugiau išvalyti, ko nereikia)+$ rm -rf /tmp/python/libfakeroot-sysv.so /tmp/python/var/lib/apt/lists (galima ir daugiau išvalyti, ko nereikia)
 $ singularity build python.sif /tmp/python $ singularity build python.sif /tmp/python
 $ rm -rf /tmp/python $ rm -rf /tmp/python
Linija 45: Linija 45:
 Kataloge ''/apps/local/bigdata'' yra paruošti scenarijai pasileisti savo **hadoop** užduotis pasinaudojant [[https://github.com/LLNL/magpie|Magpie]] rinkiniu. Kataloge ''/apps/local/bigdata'' yra paruošti scenarijai pasileisti savo **hadoop** užduotis pasinaudojant [[https://github.com/LLNL/magpie|Magpie]] rinkiniu.
  
-Su [[https://hpc.mif.vu.lt/hub|JupyterHub]] galite interneto naršyklės pagalba vykdyti skaičiavimus su python komandų eilute ir pasinaudoti [[https://jupyter.org|JupyterLab]] aplinka. Jeigu savo namų kataloge instaliuosite savo JupyterLab aplinką, tai reikia instaliuoti papildomai ''batchspawner'' paketą - tada jums startuos jūsų aplinką, pvz:+Su [[https://hpc.mif.vu.lt/hub/|JupyterHub]] galite interneto naršyklės pagalba vykdyti skaičiavimus su python komandų eilute ir pasinaudoti [[https://jupyter.org|JupyterLab]] aplinka. Jeigu savo namų kataloge instaliuosite savo JupyterLab aplinką, tai reikia instaliuoti papildomai ''batchspawner'' paketą - tada jums startuos jūsų aplinką, pvz:
  
 <code shell> <code shell>
Linija 122: Linija 122:
 </code> </code>
  
-Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas".+Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas" (taikomas ne VU MIF naudotojams, VU MIF naudotojai -- account parametro nurodyti neturi).
  
 <code shell mpi-test-job.sh> <code shell mpi-test-job.sh>
hpc.txt · Keista: 2024/02/21 12:50 vartotojo rolnas

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki