hpc
Skirtumai
Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revisionNext revisionBoth sides next revision | ||
hpc [2022/02/24 10:30] – [Nuorodos] rolnas | hpc [2022/11/30 17:28] – [Programinė įranga] rolnas | ||
---|---|---|---|
Linija 16: | Linija 16: | ||
====== Programinė įranga ====== | ====== Programinė įranga ====== | ||
- | **main** ir **gpu** yra instaliuota [[https:// | + | **main** ir **gpu** yra instaliuota [[https:// |
Instaliuotų OS paketų sąrašą galite pasitikrinti su komanda '' | Instaliuotų OS paketų sąrašą galite pasitikrinti su komanda '' | ||
Linija 25: | Linija 25: | ||
<code shell> | <code shell> | ||
$ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | $ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | ||
- | $ singularity exec -w /tmp/python pip install paketas | + | $ mkdir -p / |
+ | $ cd /tmp | ||
+ | $ singularity exec -c -W /tmp/$USER -H / | ||
+ | $ cd | ||
$ singularity build python.sif /tmp/python | $ singularity build python.sif /tmp/python | ||
- | $ rm -rf /tmp/python | + | $ rm -rf / |
</ | </ | ||
Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, | Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, | ||
- | Jeigu norima | + | Jeigu reikia |
<code shell> | <code shell> | ||
- | $ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | + | $ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// |
- | $ mkdir / | + | $ cp / |
- | $ fakeroot | + | $ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get update |
- | $ fakeroot | + | $ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get install python3.8 ... |
- | $ fakeroot | + | $ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get clean |
- | $ rm -rf / | + | $ rm -rf / |
$ singularity build python.sif /tmp/python | $ singularity build python.sif /tmp/python | ||
$ rm -rf /tmp/python | $ rm -rf /tmp/python | ||
Linija 45: | Linija 48: | ||
Kataloge ''/ | Kataloge ''/ | ||
- | Su [[https:// | + | Su [[https:// |
<code shell> | <code shell> | ||
- | $ python3.7 -m pip install --upgrade pip setuptools wheel | + | $ python3.8 -m pip install --upgrade pip setuptools wheel |
- | $ python3.7 -m pip install --ignore-installed batchspawner jupyterlab | + | $ python3.8 -m pip install --ignore-installed batchspawner jupyterlab |
</ | </ | ||
Linija 59: | Linija 62: | ||
====== Registracija ====== | ====== Registracija ====== | ||
- | PST gali naudotis tik registruoti VU MIF kompiuterių tinklo naudotojai. Esami **VU MIF tinklo | + | * **VU MIF tinklo |
- | Registracijai reikia | + | * **VU kompiuterių tinklo naudotojams** - paslaugoms gauti turite |
- | Su suteiktu | + | * **Kitiems naudotojams |
- | + | ||
- | Adresu | + | |
====== Prisijungimas ====== | ====== Prisijungimas ====== | ||
Linija 71: | Linija 72: | ||
Norint prisijungti prie **PST** reikia naudoti SSH programas (ssh, putty, winscp, mobaxterm) ir Kerberos arba SSH raktų autentikaciją. | Norint prisijungti prie **PST** reikia naudoti SSH programas (ssh, putty, winscp, mobaxterm) ir Kerberos arba SSH raktų autentikaciją. | ||
- | Jeigu naudojate Kerberos: | + | Jeigu naudojate |
- | * Prisijungiate | + | * Prisijunkite |
- | * **arba** su ssh ar putty programa | + | * **arba** su ssh ar putty programa |
- | * Su komanda **klist** patikrinkite ar turite galiojantį Kerberos raktą (ticket). Jei rakto nėra arba jo galiojimo laikas pasibaigęs, | + | * Su komanda **klist** patikrinkite, ar turite galiojantį Kerberos raktą (ticket). Jei rakto nėra arba jo galiojimo laikas pasibaigęs, |
- | * Jungiatės į mazgą **hpc** su komanda **ssh hpc** (turi nereikalauti slaptažodžio). | + | * Junkitės į mazgą **hpc** su komanda **ssh hpc** (turi nereikalauti slaptažodžio). |
* **Pirmą kartą** prisijungus turi praeiti **5min**, kad galėtumėte naudotis PST. | * **Pirmą kartą** prisijungus turi praeiti **5min**, kad galėtumėte naudotis PST. | ||
- | Jeigu naudojate SSH raktus (pvz: jei norite kopijuoti didelius failus): | + | Jeigu naudojate |
* Jei neturite SSH raktų, instrukciją kaip juos susikurti Windows aplinkoje rasite **[[duk: | * Jei neturite SSH raktų, instrukciją kaip juos susikurti Windows aplinkoje rasite **[[duk: | ||
* | * | ||
- | * Prisijungiate | + | * Prisijunkite |
Pirmą kartą prisijungus jūs **negalėsite** paleisti **SLURM užduočių** per pirmąsias **5 minutes**. Po to jums bus automatiškai sukurtas **SLURM naudotojas** ir priskirti **resursų limitai**. | Pirmą kartą prisijungus jūs **negalėsite** paleisti **SLURM užduočių** per pirmąsias **5 minutes**. Po to jums bus automatiškai sukurtas **SLURM naudotojas** ir priskirti **resursų limitai**. | ||
Linija 99: | Linija 100: | ||
^Eilė (partition) ^Laiko limitas ^RAM | ^Eilė (partition) ^Laiko limitas ^RAM | ||
- | ^main ^7d | + | ^main ^nėra |
- | ^gpu ^48h ^12000MB | + | ^gpu ^nėra |
- | ^power | + | ^power |
- | Visose eilėse užduotims laiko limitas yra **2h**, jei jis nebuvo nurodytas, o lentelėje yra pateiktas maksimalus leidžiamas laiko limitas. | + | Visose eilėse užduotims laiko limitas yra **2h**, jei jis nebuvo nurodytas, o lentelėje yra pateiktas maksimalus leidžiamas laiko limitas |
**RAM** stulpelyje yra pateikiamas kiekvienam rezervuotam **CPU** branduoliui skiriamas RAM kiekis. | **RAM** stulpelyje yra pateikiamas kiekvienam rezervuotam **CPU** branduoliui skiriamas RAM kiekis. | ||
Linija 122: | Linija 123: | ||
</ | </ | ||
- | Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https:// | + | Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https:// |
<code shell mpi-test-job.sh> | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
Linija 172: | Linija 173: | ||
====== Interaktyvios užduotys (SLURM) ====== | ====== Interaktyvios užduotys (SLURM) ====== | ||
- | Interaktyvias užduotis galima | + | Interaktyvias užduotis galima vykdyti su komanda srun: |
< | < | ||
Linija 192: | Linija 193: | ||
$ ssh -X hpc | $ ssh -X hpc | ||
$ srun --pty $SHELL | $ srun --pty $SHELL | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | **power** telkinyje interaktyvias užduotis galima vykdyti su | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | $ srun -p power --mpi=none --pty $SHELL | ||
</ | </ | ||
Linija 233: | Linija 240: | ||
</ | </ | ||
- | Tai naudos visus paskirtus procesorius, | + | Bus naudojami visi paskirti procesoriai |
+ | |||
+ | **DĖMESIO: | ||
Daugiau apie instaliuotą **OpenMPI** yra [[https:// | Daugiau apie instaliuotą **OpenMPI** yra [[https:// | ||
Linija 241: | Linija 250: | ||
* Prašome išnaudoti ne mažiau 50% užsakyto CPU kiekio. | * Prašome išnaudoti ne mažiau 50% užsakyto CPU kiekio. | ||
* Naudoti daugiau CPU, nei užsakyta, nepadidins efektyvumo, nes jūsų užduotis galės naudoti tik tiek CPU, kiek buvo užsakyta. | * Naudoti daugiau CPU, nei užsakyta, nepadidins efektyvumo, nes jūsų užduotis galės naudoti tik tiek CPU, kiek buvo užsakyta. | ||
- | * Jeigu naudosite parametrą '' | + | * Jeigu naudosite parametrą '' |
====== Resursų limitai ====== | ====== Resursų limitai ====== | ||
- | Jeigu jūsų užduotys nestartuoja | + | Jeigu jūsų užduotys nestartuoja |
- | tai pasitikrinkite | + | turite pasitikrinti, |
- | Peržiūrėti kiek išnaudota resursų | + | //Pirmasis būdas peržiūrėti, kiek išnaudota resursų:// |
< | < | ||
Linija 254: | Linija 263: | ||
</ | </ | ||
- | kur **USERNAME** jūsų MIF naudotojo vardas, o **Start** ir **End** nurodo einamojo mėnesio pradžios ir pabaigos datas. Jas galima nurodyti ir kaip '' | + | kur **USERNAME** |
- | Atkreipkite dėmesį, kad naudojimas pateikiamas minutėmis, | + | **DĖMESIO**: |
- | Kitas būdas | + | // |
< | < | ||
Linija 264: | Linija 273: | ||
</ | </ | ||
- | kur **USERNAME** MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą sąskaitą (account), kurio naudojimą | + | kur **USERNAME** |
+ | * **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota. | ||
+ | * **GrpTRESMins** - koks yra limitas. | ||
+ | * **TRESRunMins** - likę resursai dar vis vykdomų užduočių. | ||
====== Mokymų medžiaga ====== | ====== Mokymų medžiaga ====== | ||
Linija 310: | Linija 322: | ||
====== Nuorodos ====== | ====== Nuorodos ====== | ||
- | * [[hpc|HPC Waldur portalo aprašymas]] | + | * [[waldur|HPC Waldur portalo aprašymas]] |
* [[http:// | * [[http:// | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
- | * [[https:// | + | * [[https:// |
* [[http:// | * [[http:// | ||
- | * pagalba@mif.vu.lt - problemų su **HPC** registracija | + | * [[pagalba@mif.vu.lt]] - problemų su **HPC** registracija |
hpc.txt · Keista: 2024/02/21 12:50 vartotojo rolnas