Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

--- hpc [2022/02/24 10:30] – [Nuorodos] rolnas
+++ hpc [2022/04/15 10:36] – [Registracija] grikiete
@@ Linija 31: / Linija 31: @@
 Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, kuriuose paketams instaliuoti nereikia naudotojo root teisių.
-Jeigu norima papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/superuser teisių. Su fakeroot jas simuliuojame, o jam reikalingas bibliotekas kataloge ''/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot'' prikabiname į konteinerį, pvz:
+Jeigu reikia papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/superuser teisių. Su fakeroot jas simuliuojame, o jam reikalingą biblioteką ''libfakeroot-sysv.so'' kopijuojame į konteinerį, pvz:
 <code shell>
 $ singularity build --sandbox /tmp/python docker://ubuntu:18.04
-$ mkdir /tmp/python/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot
+$ cp /libfakeroot-sysv.so /tmp/python/
-$ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get update
+$ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get update
-$ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get install python3.8 ...
+$ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get install python3.8 ...
-$ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get clean
+$ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get clean
-$ rm -rf /tmp/python/var/lib/apt/lists (galima ir daugiau išvalyti, ko nereikia)
+$ rm -rf /tmp/python/libfakeroot-sysv.so /tmp/python/var/lib/apt/lists (galima ir daugiau išvalyti, ko nereikia)
 $ singularity build python.sif /tmp/python
 $ rm -rf /tmp/python
@@ Linija 45: / Linija 45: @@
 Kataloge ''/apps/local/bigdata'' yra paruošti scenarijai pasileisti savo **hadoop** užduotis pasinaudojant [[https://github.com/LLNL/magpie|Magpie]] rinkiniu.
-Su [[https://hpc.mif.vu.lt/hub|JupyterHub]] galite interneto naršyklės pagalba vykdyti skaičiavimus su python komandų eilute ir pasinaudoti [[https://jupyter.org|JupyterLab]] aplinka. Jeigu savo namų kataloge instaliuosite savo JupyterLab aplinką, tai reikia instaliuoti papildomai ''batchspawner'' paketą - tada jums startuos jūsų aplinką, pvz:
+Su [[https://hpc.mif.vu.lt/hub/|JupyterHub]] galite interneto naršyklės pagalba vykdyti skaičiavimus su python komandų eilute ir pasinaudoti [[https://jupyter.org|JupyterLab]] aplinka. Jeigu savo namų kataloge instaliuosite savo JupyterLab aplinką, tai reikia instaliuoti papildomai ''batchspawner'' paketą - tada jums startuos jūsų aplinką, pvz:
 <code shell>
@@ Linija 59: / Linija 59: @@
 ====== Registracija ======
-PST gali naudotis tik registruoti VU MIF kompiuterių tinklo naudotojai. Esami **VU MIF tinklo naudotojai** PST gali naudotis **be papildomos registracijos**.
+  * **VU MIF tinklo naudotojams** - PST galima naudotis be papildomos registracijos, jei užtenka suteiktų resursų (mėnesio limitas - **100 CPU-h ir 6 GPU-h**). Išnaudojus šį limitą, galima prašyti suteikti jų daugiau užpildant [[https://forms.office.com/Pages/ResponsePage.aspx?id=ghrFgo1UykO8-b9LfrHQEidLsh79nRJAvOP_wV9sgmdURTNUUVhJTzFGOVFWR0Y1STZBMUFNRE4yRy4u|ITAPC paslaugų užsakymo formą]].
-Registracijai reikia užpildyti [[http://mif.vu.lt/itapc#paslaug%C5%B3-u%C5%BEsakymas|ITAPC paslaugų užsakymo formą]] ir pateikti ten nurodytu adresu. Paraišką patenkinus, suteikiamas VU MIF kompiuterių tinklo naudotojo vardas. Jei esate VU darbuotojas ar studentas ir registracijos metu nurodėte savo VU el. pašto adresą. Tada įvesti savo pradinį slaptažodį, galite per [[https://mif.vu.lt/passwd2|pamiršto slaptažodžio]] pakeitimo procedūrą, naudodami [[https://id.vu.lt|VU E.tapatybės]] duomenis. Kitu atveju teks atvykti į VU MIF Didlaukio g. 47, 302/304 kab. darbo metu, dėl tikslaus laiko galite pasitikslinti tel. 8 5219 5005 arba 8 5219 5006.
+  * **VU kompiuterių tinklo naudotojai** - paslaugoms gauti turite užpildyti [[https://forms.office.com/Pages/ResponsePage.aspx?id=ghrFgo1UykO8-b9LfrHQEidLsh79nRJAvOP_wV9sgmdURTNUUVhJTzFGOVFWR0Y1STZBMUFNRE4yRy4u|ITAPC paslaugų užsakymo formą]]. Patvirtinus paraišką, [[https://hpc.mif.vu.lt|Waldur portale]] į MIF HPC turite susikurti savo paskyrą. Daugiau informacijos skaitykite [[waldur|čia]].
-Su suteiktu (pasirinktu) naudotojo vardu ir savo įvestu slaptažodžiu įgyjama teisė jungtis prie serverio **uosis.mif.vu.lt**, VU MIF mokymo klasių ir dalies VU MIF darbo vietų kompiuterių.
+  * **Kiti naudotojai (ne VU bendruomenės nariai)** - paslaugoms gauti turite užpildyti [[https://forms.office.com/Pages/ResponsePage.aspx?id=ghrFgo1UykO8-b9LfrHQEidLsh79nRJAvOP_wV9sgmdUMDE1QUo3Slo3UVYwTjM4TDMyTEdZT0tSNi4u|ITAPC paslaugų užsakymo formą]]. Patvirtinus paraišką, turite atvykti adresu VU MIF Didlaukio g. 47, 302/304 kab. darbo metu, prisijungimo duomenims gauti. Dėl tikslaus laiko būtina susitarti tel. 8 5219 5005 arba 8 5219 5006. Gavus duomenis [[https://hpc.mif.vu.lt|Waldur portale]] į MIF HPC turite susikurti savo paskyrą. Daugiau informacijos skaitykite [[waldur|čia]].
-Adresu [[https://hpc.mif.vu.lt|Waldur]] yra savitarnos portalas, kur su savo universiteto (eduGAIN arba LITNET tinkle) prisijungimu galima pačiam susikurti VU MIF HPC prisijungimą ir prašyti gauti prieigą prie šių resursų.
 ====== Prisijungimas ======
@@ Linija 122: / Linija 120: @@
 </code>
-Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas".
+Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas" (taikomas ne VU MIF naudotojams, VU MIF naudotojai -- account parametro nurodyti neturi).
 <code shell mpi-test-job.sh>
@@ Linija 310: / Linija 308: @@
 ====== Nuorodos ======
-  * [[hpc|HPC Waldur portalo aprašymas]]
+  * [[waldur|HPC Waldur portalo aprašymas]]
   * [[http://mif.vu.lt/itapc#paslaug%C5%B3-u%C5%BEsakymas|ITAPC paslaugų užsakymas]]
   * [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|Quick Start User Guide (SLURM)]]