Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

--- hpc [2022/02/24 10:23] – [Mokymų medžiaga] rolnas
+++ hpc [2022/04/15 08:40] – [Registracija] grikiete
@@ Linija 31: / Linija 31: @@
 Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, kuriuose paketams instaliuoti nereikia naudotojo root teisių.
-Jeigu norima papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/superuser teisių. Su fakeroot jas simuliuojame, o jam reikalingas bibliotekas kataloge ''/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot'' prikabiname į konteinerį, pvz:
+Jeigu reikia papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/superuser teisių. Su fakeroot jas simuliuojame, o jam reikalingą biblioteką ''libfakeroot-sysv.so'' kopijuojame į konteinerį, pvz:
 <code shell>
 $ singularity build --sandbox /tmp/python docker://ubuntu:18.04
-$ mkdir /tmp/python/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot
+$ cp /libfakeroot-sysv.so /tmp/python/
-$ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get update
+$ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get update
-$ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get install python3.8 ...
+$ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get install python3.8 ...
-$ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get clean
+$ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get clean
-$ rm -rf /tmp/python/var/lib/apt/lists (galima ir daugiau išvalyti, ko nereikia)
+$ rm -rf /tmp/python/libfakeroot-sysv.so /tmp/python/var/lib/apt/lists (galima ir daugiau išvalyti, ko nereikia)
 $ singularity build python.sif /tmp/python
 $ rm -rf /tmp/python
@@ Linija 45: / Linija 45: @@
 Kataloge ''/apps/local/bigdata'' yra paruošti scenarijai pasileisti savo **hadoop** užduotis pasinaudojant [[https://github.com/LLNL/magpie|Magpie]] rinkiniu.
-Su [[https://hpc.mif.vu.lt/hub|JupyterHub]] galite interneto naršyklės pagalba vykdyti skaičiavimus su python komandų eilute ir pasinaudoti [[https://jupyter.org|JupyterLab]] aplinka. Jeigu savo namų kataloge instaliuosite savo JupyterLab aplinką, tai reikia instaliuoti papildomai ''batchspawner'' paketą - tada jums startuos jūsų aplinką, pvz:
+Su [[https://hpc.mif.vu.lt/hub/|JupyterHub]] galite interneto naršyklės pagalba vykdyti skaičiavimus su python komandų eilute ir pasinaudoti [[https://jupyter.org|JupyterLab]] aplinka. Jeigu savo namų kataloge instaliuosite savo JupyterLab aplinką, tai reikia instaliuoti papildomai ''batchspawner'' paketą - tada jums startuos jūsų aplinką, pvz:
 <code shell>
@@ Linija 59: / Linija 59: @@
 ====== Registracija ======
-PST gali naudotis tik registruoti VU MIF kompiuterių tinklo naudotojai. Esami **VU MIF tinklo naudotojai** PST gali naudotis **be papildomos registracijos**.
+PST gali naudotis tik **VU kompiuterių tinklo naudotojai**. **VU MIF tinklo naudotojai** PST gali naudotis be papildomos registracijos **jei užtenka duotų resursų limito**.
 Registracijai reikia užpildyti [[http://mif.vu.lt/itapc#paslaug%C5%B3-u%C5%BEsakymas|ITAPC paslaugų užsakymo formą]] ir pateikti ten nurodytu adresu. Paraišką patenkinus, suteikiamas VU MIF kompiuterių tinklo naudotojo vardas. Jei esate VU darbuotojas ar studentas ir registracijos metu nurodėte savo VU el. pašto adresą. Tada įvesti savo pradinį slaptažodį, galite per [[https://mif.vu.lt/passwd2|pamiršto slaptažodžio]] pakeitimo procedūrą, naudodami [[https://id.vu.lt|VU E.tapatybės]] duomenis. Kitu atveju teks atvykti į VU MIF Didlaukio g. 47, 302/304 kab. darbo metu, dėl tikslaus laiko galite pasitikslinti tel. 8 5219 5005 arba 8 5219 5006.
@@ Linija 65: / Linija 65: @@
 Su suteiktu (pasirinktu) naudotojo vardu ir savo įvestu slaptažodžiu įgyjama teisė jungtis prie serverio **uosis.mif.vu.lt**, VU MIF mokymo klasių ir dalies VU MIF darbo vietų kompiuterių.
-Adresu [[https://hpc.mif.vu.lt|Waldur]] yra savitarnos portalas, kur su savo universiteto (eduGAIN arba LITNET tinkle) prisijungimu galima pačiam susikurti VU MIF HPC prisijungimą ir prašyti gauti prieigą prie šių resursų.
+Adresu [[https://hpc.mif.vu.lt|Waldur]] yra savitarnos portalas, kur su savo universiteto (per **eduGAIN** arba **LITNET**) prisijungimu galima pačiam susikurti **HPC** prisijungimą. Daugiau info apie tai [[waldur|čia]].
 ====== Prisijungimas ======
@@ Linija 122: / Linija 122: @@
 </code>
-Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas".
+Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas" (taikomas ne VU MIF naudotojams, VU MIF naudotojai -- account parametro nurodyti neturi).
 <code shell mpi-test-job.sh>
@@ Linija 268: / Linija 268: @@
 ====== Mokymų medžiaga ======
+Toliau pateikiama informacija apie mokymus, kurie vyko 2021m gruodžio mėn.
-**1 mokymų dalis**
+===== 1 mokymų dalis =====
   * Trumpai apie HPC, kas tai yra, kam jo reikia
@@ Linija 280: / Linija 281: @@
   * [[https://drive.mif.vu.lt/s/ipy3FLNGnEqm8TE|Įvadas į HPC (video) ]]
-**2 mokymų dalis**
+===== 2 mokymų dalis =====
   * Slurm komandos darbams paleisti/stabdyti ar progresui peržiūrėti.
@@ Linija 294: / Linija 295: @@
   * [[https://drive.mif.vu.lt/s/mDTbB3stWe9AKyS|Užduočių valdymas, naudotojų PĮ ir CPU skaičiavimai HPC infrastruktūroje (video)]]
-**3 mokymų dalis**
+===== 3 mokymų dalis =====
   * GPU skaičiavimai
@@ Linija 309: / Linija 310: @@
 ====== Nuorodos ======
-  * [[http://hpc.mif.vu.lt|HPC Waldur portalas]]
+  * [[waldur|HPC Waldur portalo aprašymas]]
   * [[http://mif.vu.lt/itapc#paslaug%C5%B3-u%C5%BEsakymas|ITAPC paslaugų užsakymas]]
   * [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|Quick Start User Guide (SLURM)]]