hpc
Skirtumai
Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revisionNext revisionBoth sides next revision | ||
hpc [2022/02/01 10:56] – eduardas | hpc [2022/04/15 10:39] – [Registracija] grikiete | ||
---|---|---|---|
Linija 2: | Linija 2: | ||
Paskirstytų skaičiavimų tinklas (PST) yra specialiai paruoštas kompiuterių tinklas, kuriame yra galimybė vykdyti programas, kurios galėtų efektyviai apsikeisti duomenimis. | Paskirstytų skaičiavimų tinklas (PST) yra specialiai paruoštas kompiuterių tinklas, kuriame yra galimybė vykdyti programas, kurios galėtų efektyviai apsikeisti duomenimis. | ||
- | |||
- | **Vyksta TESTAVIMAS iki 2021m gruodžio 31d, galite naudotis, bet nėra garantuojamas duomenų išsaugojimas.** | ||
VU MIF PST sudaro superkompiuteris iš telkinių (pirmas skaičius - faktiškai pasiekiamas kiekis): | VU MIF PST sudaro superkompiuteris iš telkinių (pirmas skaičius - faktiškai pasiekiamas kiekis): | ||
Linija 33: | Linija 31: | ||
Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, | Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, | ||
- | Jeigu norima | + | Jeigu reikia |
<code shell> | <code shell> | ||
$ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | $ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | ||
- | $ mkdir / | + | $ cp / |
- | $ fakeroot | + | $ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get update |
- | $ fakeroot | + | $ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get install python3.8 ... |
- | $ fakeroot | + | $ fakeroot -l /libfakeroot-sysv.so singularity exec -w /tmp/python apt-get clean |
- | $ rm -rf / | + | $ rm -rf / |
$ singularity build python.sif /tmp/python | $ singularity build python.sif /tmp/python | ||
$ rm -rf /tmp/python | $ rm -rf /tmp/python | ||
Linija 47: | Linija 45: | ||
Kataloge ''/ | Kataloge ''/ | ||
- | Su [[https:// | + | Su [[https:// |
<code shell> | <code shell> | ||
Linija 61: | Linija 59: | ||
====== Registracija ====== | ====== Registracija ====== | ||
- | PST gali naudotis tik registruoti VU MIF kompiuterių tinklo naudotojai. Esami **VU MIF tinklo | + | * **VU MIF tinklo |
- | Registracijai reikia | + | * **VU kompiuterių tinklo naudotojams** - paslaugoms gauti turite |
- | Su suteiktu | + | * **Kitiems naudotojams |
- | + | ||
- | Adresu | + | |
====== Prisijungimas ====== | ====== Prisijungimas ====== | ||
Linija 116: | Linija 112: | ||
<code shell mpi-test-job.sh> | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
- | #!/bin/sh | + | #!/bin/bash |
#SBATCH -p main | #SBATCH -p main | ||
#SBATCH -n4 | #SBATCH -n4 | ||
Linija 124: | Linija 120: | ||
</ | </ | ||
- | Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https:// | + | Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https:// |
<code shell mpi-test-job.sh> | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
- | #!/bin/sh | + | #!/bin/bash |
#SBATCH --account=alloc_xxxx_projektas | #SBATCH --account=alloc_xxxx_projektas | ||
#SBATCH -p main | #SBATCH -p main | ||
#SBATCH -n4 | #SBATCH -n4 | ||
+ | #SBATCH --time=minutes | ||
module load openmpi | module load openmpi | ||
mpicc -o mpi-test mpi-test.c | mpicc -o mpi-test mpi-test.c | ||
Linija 244: | Linija 241: | ||
* Jeigu naudosite parametrą '' | * Jeigu naudosite parametrą '' | ||
- | ====== | + | ====== |
+ | Jeigu jūsų užduotys nestartuoja su priežastimi **AssocGrpCPUMinutesLimit** arba **AssocGrpGRESMinutes**, | ||
+ | tai pasitikrinkite ar užduotims dar liko neišnaudotų CPU/GPU resursų iš (mėnesio) limito. | ||
- | **1 mokymų dalis** | + | Peržiūrėti kiek išnaudota resursų |
- | - Trumpai apie HPC, kas tai yra, kam jo reikia | + | < |
+ | sreport | ||
+ | </ | ||
- | - Kokie HPC būna, koks yra VU ir kokia MIF dalis | + | kur **USERNAME** jūsų MIF naudotojo vardas, o **Start** |
- | - Kaip prisijungti MIF darbuotojams / studentams prie HPC | + | Atkreipkite dėmesį, kad naudojimas pateikiamas minutėmis, o į valandas konvertuoti reikia dalinant iš 60. |
- | - SSH rakto kūrimas ir naudojimas Windows aplinkoje | + | Kitas būdas pažiūrėti limitus |
- | - WinScp naudojimas Windows aplinkoje | + | < |
- | + | sshare | |
- | + | </code> | |
- | * [[https:// | + | |
- | + | ||
- | * [[https:// | + | |
- | + | ||
- | **2 mokymų dalis** | + | |
- | + | ||
- | | + | |
- | + | ||
- | - Sbatch failas ir jo tipiniai parametrai CPU ir GPU particijoms | + | |
- | + | ||
- | - Darbai interaktyviu režimu ir darbai liekantys veikti po atsijungimo (Sbatch) | + | |
- | + | ||
- | - Python/ | + | |
- | + | ||
- | - Singularity konteineriai: | + | |
- | + | ||
- | - Darbas su MPI | + | |
- | + | ||
- | - Rezultatų išvedimas ir parsisiuntimas į naudotojo kompiuterį | + | |
- | - Papildomų resursų užsakymai (Waldur) | + | kur **USERNAME** MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą sąskaitą (account), kurio naudojimą norima pažiūrėti. Duomenys pateikiami minutėmis. **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota. **GrpTRESMins** - koks yra limitas. **TRESRunMins** - likę resursai dar vis vykdomų užduočių. |
- | * [[https:// | + | ====== Mokymų medžiaga ====== |
- | * [[https:// | + | Toliau pateikiama informacija apie mokymus, kurie vyko 2021m gruodžio mėn. |
- | **3 mokymų dalis** | + | ===== 1 mokymų dalis ===== |
- | - GPU skaičiavimai | + | * Trumpai apie HPC, kas tai yra, kam jo reikia |
+ | * Kokie HPC būna, koks yra VU ir kokia MIF dalis | ||
+ | * Kaip prisijungti MIF darbuotojams / studentams prie HPC | ||
+ | * SSH rakto kūrimas ir naudojimas Windows aplinkoje | ||
+ | * WinScp naudojimas Windows aplinkoje | ||
- | - CUDA programinio kodo spartinimui naudojant GPU | + | * [[https:// |
+ | * [[https:// | ||
- | - Programavimas Python Jupyter-notebooks su GPU | + | ===== 2 mokymų dalis ===== |
- | - Simuliacinių skaičiavimų pavyzdys | + | * Slurm komandos darbams paleisti/ |
+ | * Sbatch failas ir jo tipiniai parametrai CPU ir GPU particijoms | ||
+ | * Darbai interaktyviu režimu ir darbai liekantys veikti po atsijungimo (Sbatch) | ||
+ | * Python/ | ||
+ | * Singularity konteineriai: | ||
+ | * Darbas su MPI | ||
+ | * Rezultatų išvedimas ir parsisiuntimas į naudotojo kompiuterį | ||
+ | * Papildomų resursų užsakymai (Waldur) | ||
- | - Mašininio mokymo projektas (duomenys/modelis jų įkėlimas/atsisiuntimas) | + | * [[https:// |
+ | * [[https:// | ||
- | - Mašininio mokymo pavyzdys naudojant vieną GPU | + | ===== 3 mokymų dalis ===== |
- | - Mašininio mokymo pavyzdys naudojant kelis GPU | + | * GPU skaičiavimai |
+ | * CUDA programinio kodo spartinimui naudojant GPU | ||
+ | * Programavimas Python Jupyter-notebooks su GPU | ||
+ | * Simuliacinių skaičiavimų pavyzdys | ||
+ | * Mašininio mokymo projektas (duomenys/ | ||
+ | * Mašininio mokymo pavyzdys naudojant vieną GPU | ||
+ | * Mašininio mokymo pavyzdys naudojant kelis GPU | ||
- | * [[https:// | + | |
+ | * [[https:// | ||
- | * [[https:// | + | ====== Nuorodos ====== |
+ | * [[waldur|HPC Waldur portalo aprašymas]] | ||
* [[http:// | * [[http:// | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
* [[http:// | * [[http:// | ||
- | * pagalba@mif.vu.lt - problemų su PST registracija | + | * pagalba@mif.vu.lt - problemų su **HPC** |
hpc.txt · Keista: 2024/02/21 12:50 vartotojo rolnas