hpc
Skirtumai
Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revisionNext revisionBoth sides next revision | ||
hpc [2021/12/15 14:41] – [Programinė įranga] rolnas | hpc [2022/02/24 10:30] – [Nuorodos] rolnas | ||
---|---|---|---|
Linija 2: | Linija 2: | ||
Paskirstytų skaičiavimų tinklas (PST) yra specialiai paruoštas kompiuterių tinklas, kuriame yra galimybė vykdyti programas, kurios galėtų efektyviai apsikeisti duomenimis. | Paskirstytų skaičiavimų tinklas (PST) yra specialiai paruoštas kompiuterių tinklas, kuriame yra galimybė vykdyti programas, kurios galėtų efektyviai apsikeisti duomenimis. | ||
- | |||
- | **Vyksta TESTAVIMAS iki 2021m gruodžio 31d, galite naudotis, bet nėra garantuojamas duomenų išsaugojimas.** | ||
VU MIF PST sudaro superkompiuteris iš telkinių (pirmas skaičius - faktiškai pasiekiamas kiekis): | VU MIF PST sudaro superkompiuteris iš telkinių (pirmas skaičius - faktiškai pasiekiamas kiekis): | ||
Linija 54: | Linija 52: | ||
</ | </ | ||
+ | Taip pat jūs galite pasinaudoti savo pasidarytu konteineriu per JupyterHub. Tame konteineryje reikia instaliuoti '' | ||
+ | <code shell> | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | exec singularity exec --nv myjupyterlab.sif batchspawner-singleuser " | ||
+ | </ | ||
====== Registracija ====== | ====== Registracija ====== | ||
Linija 111: | Linija 114: | ||
<code shell mpi-test-job.sh> | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
- | #!/bin/sh | + | #!/bin/bash |
#SBATCH -p main | #SBATCH -p main | ||
#SBATCH -n4 | #SBATCH -n4 | ||
Linija 118: | Linija 121: | ||
mpirun mpi-test | mpirun mpi-test | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https:// | ||
+ | |||
+ | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
+ | #!/bin/bash | ||
+ | #SBATCH --account=alloc_xxxx_projektas | ||
+ | #SBATCH -p main | ||
+ | #SBATCH -n4 | ||
+ | #SBATCH --time=minutes | ||
+ | module load openmpi | ||
+ | mpicc -o mpi-test mpi-test.c | ||
+ | mpirun mpi-test | ||
+ | </ | ||
+ | |||
Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui. | Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui. | ||
- | -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power). | + | |
- | -n4 - kiek procesorių rezervuoti. | + | -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power). |
+ | |||
+ | -n4 - kiek procesorių rezervuoti | ||
Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/ | Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/ | ||
Linija 224: | Linija 243: | ||
* Jeigu naudosite parametrą '' | * Jeigu naudosite parametrą '' | ||
- | ====== | + | ====== |
+ | Jeigu jūsų užduotys nestartuoja su priežastimi **AssocGrpCPUMinutesLimit** arba **AssocGrpGRESMinutes**, | ||
+ | tai pasitikrinkite ar užduotims dar liko neišnaudotų CPU/GPU resursų iš (mėnesio) limito. | ||
- | **1 mokymų dalis** | + | Peržiūrėti kiek išnaudota resursų |
- | - Trumpai apie HPC, kas tai yra, kam jo reikia | + | < |
+ | sreport | ||
+ | </ | ||
- | - Kokie HPC būna, koks yra VU ir kokia MIF dalis | + | kur **USERNAME** jūsų MIF naudotojo vardas, o **Start** |
- | - Kaip prisijungti MIF darbuotojams / studentams prie HPC | + | Atkreipkite dėmesį, kad naudojimas pateikiamas minutėmis, o į valandas konvertuoti reikia dalinant iš 60. |
- | - SSH rakto kūrimas ir naudojimas Windows aplinkoje | + | Kitas būdas pažiūrėti limitus |
- | + | ||
- | - WinScp naudojimas Windows aplinkoje | + | |
+ | < | ||
+ | sshare -l -A USERNAME_mif -p -o GrpTRESRaw, | ||
+ | </ | ||
- | * [[https:// | + | kur **USERNAME** MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą sąskaitą |
- | * [[https:// | + | ====== Mokymų medžiaga ====== |
- | **2 mokymų dalis** | + | Toliau pateikiama informacija apie mokymus, kurie vyko 2021m gruodžio mėn. |
- | - Slurm komandos darbams paleisti/ | + | ===== 1 mokymų dalis ===== |
- | - Sbatch failas | + | * Trumpai apie HPC, kas tai yra, kam jo reikia |
+ | * Kokie HPC būna, koks yra VU ir kokia MIF dalis | ||
+ | * Kaip prisijungti MIF darbuotojams / studentams prie HPC | ||
+ | * SSH rakto kūrimas | ||
+ | * WinScp naudojimas Windows aplinkoje | ||
- | - Darbai interaktyviu režimu ir darbai liekantys veikti po atsijungimo | + | * [[https:// |
+ | * [[https:// | ||
- | - Python/ | + | ===== 2 mokymų dalis ===== |
- | - Singularity konteineriai: | + | * Slurm komandos darbams paleisti/ |
+ | * Sbatch failas ir jo tipiniai parametrai CPU ir GPU particijoms | ||
+ | * Darbai interaktyviu režimu ir darbai liekantys veikti po atsijungimo (Sbatch) | ||
+ | * Python/ | ||
+ | * Singularity konteineriai: | ||
+ | * Darbas su MPI | ||
+ | * Rezultatų išvedimas ir parsisiuntimas į naudotojo kompiuterį | ||
+ | * Papildomų resursų užsakymai (Waldur) | ||
- | - Darbas su MPI | + | * [[https:// |
+ | * [[https:// | ||
- | - Rezultatų išvedimas ir parsisiuntimas į naudotojo kompiuterį | + | ===== 3 mokymų dalis ===== |
- | | + | * GPU skaičiavimai |
+ | * CUDA programinio kodo spartinimui naudojant GPU | ||
+ | * Programavimas Python Jupyter-notebooks su GPU | ||
+ | * Simuliacinių skaičiavimų pavyzdys | ||
+ | * Mašininio mokymo projektas | ||
+ | * Mašininio mokymo pavyzdys naudojant vieną GPU | ||
+ | * Mašininio mokymo pavyzdys naudojant kelis GPU | ||
- | * [[https:// | + | |
+ | * [[https:// | ||
- | * [[https:// | + | ====== Nuorodos ====== |
+ | * [[hpc|HPC Waldur portalo aprašymas]] | ||
* [[http:// | * [[http:// | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
* [[http:// | * [[http:// | ||
- | * pagalba@mif.vu.lt - problemų su PST registracija | + | * pagalba@mif.vu.lt - problemų su **HPC** |
hpc.txt · Keista: 2024/02/21 12:50 vartotojo rolnas