Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

--- hpc [2021/12/15 14:03] – [Programinė įranga] rolnas
+++ hpc [2021/12/16 12:43] – [Paketinis užduočių vykdymas (SLURM)] mif28585
@@ Linija 29: / Linija 29: @@
 $ singularity exec -w /tmp/python pip install paketas
 $ singularity build python.sif /tmp/python
-$ rm -r /tmp/python
+$ rm -rf /tmp/python
 </code>
 Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, kuriuose paketams instaliuoti nereikia naudotojo root teisių.
@@ Linija 36: / Linija 36: @@
 <code shell>
 $ singularity build --sandbox /tmp/python docker://ubuntu:18.04
-$ singularity exec -w /tmp/python mkdir -p /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot
+$ mkdir /tmp/python/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot
 $ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get update
 $ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get install python3.8 ...
 $ fakeroot singularity exec -B /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfakeroot -w /tmp/python apt-get clean
-$ singularity exec -w /tmp/python rm -rf /var/lib/apt/lists
+$ rm -rf /tmp/python/var/lib/apt/lists (galima ir daugiau išvalyti, ko nereikia)
 $ singularity build python.sif /tmp/python
 $ rm -rf /tmp/python
@@ Linija 54: / Linija 54: @@
 </code>
+Taip pat jūs galite pasinaudoti savo pasidarytu konteineriu per JupyterHub. Tame konteineryje reikia instaliuoti ''batchswapner'' ir ''jupyterlab'' paketus bei sukurti script'ą ''~/.local/bin/batchspawner-singleuser'' su vykdymo teisėmis (''chmod +x ~/.local/bin/batchspawner-singleuser'')
+<code shell>
+#!/bin/sh
+exec singularity exec --nv myjupyterlab.sif batchspawner-singleuser "$@"
+</code>
 ====== Registracija ======
@@ Linija 120: / Linija 125: @@
 Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui.
--p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power).
--n4 - kiek procesorių rezervuoti.
+ -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power).
+ -n4 - kiek procesorių rezervuoti (PASTABA: nustačius naudotinų branduolių skaičių n, tačiau realiai programiškai išnaudojant mažiau, apskaitoje vis tiek bus skaičiuojami visi n "užprašyti" branduoliai, todėl rekomenduojame apsiskaičiuoti iš anksto).
 Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/scratch/lustre**, nes jis turi egzistuoti skaičiavimo mazge ir ten yra kuriamas užduoties išvesties failas **slurm-JOBID.out**, nebent nukreiptas kitur parametrais -o arba -i (jiems irgi patariama naudoti bendrą failų sistemą).