hpc
Skirtumai
Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.
Next revision | Previous revisionNext revisionBoth sides next revision | ||
hpc [2021/12/14 10:05] – [Nuorodos ir mokymo medžiaga] mif28585 | hpc [2022/02/14 14:05] – [Resursų limitai] rolnas | ||
---|---|---|---|
Linija 2: | Linija 2: | ||
Paskirstytų skaičiavimų tinklas (PST) yra specialiai paruoštas kompiuterių tinklas, kuriame yra galimybė vykdyti programas, kurios galėtų efektyviai apsikeisti duomenimis. | Paskirstytų skaičiavimų tinklas (PST) yra specialiai paruoštas kompiuterių tinklas, kuriame yra galimybė vykdyti programas, kurios galėtų efektyviai apsikeisti duomenimis. | ||
- | |||
- | **Vyksta TESTAVIMAS iki 2021m gruodžio 31d, galite naudotis, bet nėra garantuojamas duomenų išsaugojimas.** | ||
VU MIF PST sudaro superkompiuteris iš telkinių (pirmas skaičius - faktiškai pasiekiamas kiekis): | VU MIF PST sudaro superkompiuteris iš telkinių (pirmas skaičius - faktiškai pasiekiamas kiekis): | ||
Linija 29: | Linija 27: | ||
$ singularity exec -w /tmp/python pip install paketas | $ singularity exec -w /tmp/python pip install paketas | ||
$ singularity build python.sif /tmp/python | $ singularity build python.sif /tmp/python | ||
- | $ rm -r /tmp/python | + | $ rm -rf /tmp/python |
</ | </ | ||
Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, | Analogiškai galima pasinaudoti R, Julia ar kitais konteineriais, | ||
+ | |||
+ | Jeigu norima papildyti singularity kontainerį OS paketais, tam reikia root/ | ||
+ | <code shell> | ||
+ | $ singularity build --sandbox /tmp/python docker:// | ||
+ | $ mkdir / | ||
+ | $ fakeroot singularity exec -B / | ||
+ | $ fakeroot singularity exec -B / | ||
+ | $ fakeroot singularity exec -B / | ||
+ | $ rm -rf / | ||
+ | $ singularity build python.sif /tmp/python | ||
+ | $ rm -rf /tmp/python | ||
+ | </ | ||
Kataloge ''/ | Kataloge ''/ | ||
Linija 42: | Linija 52: | ||
</ | </ | ||
+ | Taip pat jūs galite pasinaudoti savo pasidarytu konteineriu per JupyterHub. Tame konteineryje reikia instaliuoti '' | ||
+ | <code shell> | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | exec singularity exec --nv myjupyterlab.sif batchspawner-singleuser " | ||
+ | </ | ||
====== Registracija ====== | ====== Registracija ====== | ||
Linija 106: | Linija 121: | ||
mpirun mpi-test | mpirun mpi-test | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https:// | ||
+ | |||
+ | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
+ | #!/bin/sh | ||
+ | #SBATCH --account=alloc_xxxx_projektas | ||
+ | #SBATCH -p main | ||
+ | #SBATCH -n4 | ||
+ | module load openmpi | ||
+ | mpicc -o mpi-test mpi-test.c | ||
+ | mpirun mpi-test | ||
+ | </ | ||
+ | |||
Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui. | Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui. | ||
- | -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power). | + | |
- | -n4 - kiek procesorių rezervuoti. | + | -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power). |
+ | |||
+ | -n4 - kiek procesorių rezervuoti | ||
Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/ | Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/ | ||
Linija 211: | Linija 241: | ||
* Naudoti daugiau CPU, nei užsakyta, nepadidins efektyvumo, nes jūsų užduotis galės naudoti tik tiek CPU, kiek buvo užsakyta. | * Naudoti daugiau CPU, nei užsakyta, nepadidins efektyvumo, nes jūsų užduotis galės naudoti tik tiek CPU, kiek buvo užsakyta. | ||
* Jeigu naudosite parametrą '' | * Jeigu naudosite parametrą '' | ||
+ | |||
+ | ====== Resursų limitai ====== | ||
+ | |||
+ | Peržiūrėti kiek išnaudota resursų | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | sreport -T cpu, | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | kur **USERNAME** jūsų MIF naudotojo vardas, o **Start** ir **End** nurodo einamojo mėnesio pradžios ir pabaigos datas. Jas galima nurodyti ir kaip '' | ||
+ | |||
+ | Atkreipkite dėmesį, kad naudojimas pateikiamas minutėmis, o į valandas konvertuoti reikia dalinant iš 60. | ||
+ | |||
+ | Kitas būdas pažiūrėti limitus ir jų išnaudojimą | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | sshare -l -A USERNAME_mif -p -o GrpTRESRaw, | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | kur **USERNAME** MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą account, kurio naudojimą norima pažiūrėti. Duomenys pateikiami irgi minutėmis. **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota. **GrpTRESMins** - koks yra limitas. **TRESRunMins** - likę resursai dar vis vykdomų užduočių. | ||
====== Nuorodos ir mokymo medžiaga ====== | ====== Nuorodos ir mokymo medžiaga ====== | ||
Linija 217: | Linija 267: | ||
**1 mokymų dalis** | **1 mokymų dalis** | ||
- | - Trumpai apie HPC, kas tai yra, kam jo reikia | + | - Trumpai apie HPC, kas tai yra, kam jo reikia |
- | - Kokie HPC būna, koks yra VU ir kokia MIF dalis | + | - Kokie HPC būna, koks yra VU ir kokia MIF dalis |
- | - Kaip prisijungti MIF darbuotojams / studentams prie HPC | + | - Kaip prisijungti MIF darbuotojams / studentams prie HPC |
- | - SSH rakto kūrimas ir naudojimas Windows aplinkoje | + | - SSH rakto kūrimas ir naudojimas Windows aplinkoje |
- | - WinScp naudojimas Windows aplinkoje | + | - WinScp naudojimas Windows aplinkoje |
- | * [[https:// | + | * [[https:// |
- | * [[https:// | + | * [[https:// |
**2 mokymų dalis** | **2 mokymų dalis** | ||
- | - Slurm komandos darbams paleisti/ | + | - Slurm komandos darbams paleisti/ |
+ | |||
+ | - Sbatch failas ir jo tipiniai parametrai CPU ir GPU particijoms | ||
+ | |||
+ | - Darbai interaktyviu režimu ir darbai liekantys veikti po atsijungimo (Sbatch) | ||
+ | |||
+ | - Python/ | ||
+ | |||
+ | - Singularity konteineriai: | ||
+ | |||
+ | - Darbas su MPI | ||
+ | |||
+ | - Rezultatų išvedimas ir parsisiuntimas į naudotojo kompiuterį | ||
+ | |||
+ | - Papildomų resursų užsakymai (Waldur) | ||
+ | |||
+ | * [[https:// | ||
+ | |||
+ | * [[https:// | ||
+ | |||
+ | **3 mokymų dalis** | ||
- | - Sbatch failas ir jo tipiniai parametrai CPU ir GPU particijoms | + | - GPU skaičiavimai |
- | - Darbai interaktyviu režimu ir darbai liekantys veikti po atsijungimo (Sbatch) | + | - CUDA programinio kodo spartinimui naudojant GPU |
- | - Python/R/julia ar kitų kalbų paketų diegimas | + | - Programavimas |
- | - Singularity konteineriai: | + | - Simuliacinių skaičiavimų pavyzdys |
- | - Darbas su MPI | + | - Mašininio mokymo projektas (duomenys/ |
- | - Rezultatų išvedimas ir parsisiuntimas į naudotojo kompiuterį | + | - Mašininio mokymo pavyzdys naudojant vieną GPU |
- | - Papildomų resursų užsakymai (Waldur) | + | - Mašininio mokymo pavyzdys naudojant kelis GPU |
- | * [[https:// | + | * [[https:// |
- | * [[https:// | + | * [[https:// |
* [[http:// | * [[http:// |
hpc.txt · Keista: 2024/02/21 12:50 vartotojo rolnas