Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- en:hpc [2022/07/04 14:07] – grikiete
+++ en:hpc [2022/07/04 14:10] – grikiete
@@ Line 167: / Line 167: @@
 More about SLURM opportunities you can read [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|Quick Start User Guide]].
-====== Paketinis užduočių vykdymas (SLURM) ======
+====== Interactive Tasks (SLURM) ======
-Norint pasinaudoti PST skaičiavimo resursais, reikia formuoti užduočių scenarijus (sh arba csh).
+Interactive tasks can be done with the //srun// command:
-Pavyzdys:
-<code shell mpi-test-job.sh>
-#!/bin/bash
-#SBATCH -p main
-#SBATCH -n4
-module load openmpi
-mpicc -o mpi-test mpi-test.c
-mpirun mpi-test
-</code>
-Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas" (taikomas ne VU MIF naudotojams, VU MIF naudotojai -- account parametro nurodyti neturi).
-<code shell mpi-test-job.sh>
-#!/bin/bash
-#SBATCH --account=alloc_xxxx_projektas
-#SBATCH -p main
-#SBATCH -n4
-#SBATCH --time=minutes
-module load openmpi
-mpicc -o mpi-test mpi-test.c
-mpirun mpi-test
-</code>
-Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui.
- -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power).
- -n4 - kiek procesorių rezervuoti (**PASTABA:** nustačius naudotinų branduolių skaičių x, tačiau realiai programiškai išnaudojant mažiau, apskaitoje vis tiek bus skaičiuojami visi x "užprašyti" branduoliai, todėl rekomenduojame apsiskaičiuoti iš anksto).
-Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/scratch/lustre**, nes jis turi egzistuoti skaičiavimo mazge ir ten yra kuriamas užduoties išvesties failas **slurm-JOBID.out**, nebent nukreiptas kitur parametrais -o arba -i (jiems irgi patariama naudoti bendrą failų sistemą).
-Suformuotą scenarijų siunčiame su komanda sbatch
-''$ sbatch mpi-test-job''
-kuri gražina pateiktos užduoties numerį **JOBID**.
-Laukiančios arba vykdomos užduoties būseną galima sužinoti su komanda squeue
-''$ squeue -j JOBID''
-Su komanda scancel galima nutraukti užduoties vykdymą arba išimti ją iš eilės
-''$ scancel JOBID''
-Jeigu neatsimenate savo užduočių **JOBID**, tai galite pasižiūrėti su komanda **squeue**
-''$ squeue''
-Užbaigtų užduočių **squeue** jau neberodo.
-Jeigu nurodytas procesorių kiekis nėra pasiekiamas, tai jūsų užduotis yra įterpiama į eilę. Joje ji bus kol atsilaisvins pakankamas kiekis procesorių arba kol jūs ją pašalinsite su **scancel**.
-Vykdomos užduoties išvestis (**output**) yra įrašoma į failą **slurm-JOBID.out**. Jei nenurodyta kitaip, tai ir klaidų (error) išvestis yra įrašoma į tą patį failą. Failų vardus galima pakeisti su komandos **sbatch** parametrais -o (nurodyti išvesties failą) ir -e (nurodyti klaidų failą).
-Daugiau apie SLURM galimybes galite paskaityti [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|Quick Start User Guide]].
-====== Interaktyvios užduotys (SLURM) ======
-Interaktyvias užduotis galima vykdyti su komanda srun:
 <code>