Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- en:hpc [2022/07/04 09:48] – [Batch Processing of Tasks (SLURM)] grikiete
+++ en:hpc [2022/07/18 08:09] – [MPI programų vykdymas] grikiete
@@ Line 166: / Line 166: @@
 More about SLURM opportunities you can read [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|Quick Start User Guide]].
+====== Interactive Tasks (SLURM) ======
+Interactive tasks can be done with the //srun// command:
+<code>
+$ srun --pty $SHELL
+</code>
+The above command will connect you to the compute node environment assigned to SLURM and allow you to directly run and debug programs on it.
+After the commands are done disconnect from the compute node with the command
+<code>
+$ exit
+</code>
+If you want to run graphical programs, you need to connect to **ssh -X** to **uosis.mif.vu.lt** and **hpc**:
+<code>
+$ ssh -X uosis.mif.vu.lt
+$ ssh -X hpc
+$ srun --pty $SHELL
+</code>
+In **power** cluster interactive tasks can be performed with
+<code>
+$ srun -p power --mpi=none --pty $SHELL
+</code>
+====== GPU Tasks (SLURM) ======
+To use GPU you need to specify additionally <code>--gres gpu:N</code> where N is desired GPU amount.
+With ''nvidia-smi'' in the task you can check the GPU amount that was dedicated.
+Example of an interactive task with 1 GPU:
+<code>
+$ srun -p gpu --gres gpu --pty $SHELL
+</code>
+====== Introduction to OpenMPI ======
+Ubuntu 18.04 LTS is the packet of **2.1.1** OpenMPI version.
+To use the newer version **4.0.1** you need to use
+<code>
+module load openmpi/4.0
+</code>
+before running MPI commands.
+===== MPI Compiling Programs =====
+An example of a simple MPI program is in the directory ''/scratch/lustre/test/openmpi''. **mpicc** (**mpiCC**, **mpif77**, **mpif90**, **mpifort**) is a framework for C (C++, F77, F90, Fortran) compilers that automatically adds the necessary **MPI** include and library files to the command line.
+<code>
+$ mpicc -o foo foo.c
+$ mpif77 -o foo foo.f
+$ mpif90 -o foo foo.f
+</code>
+===== Implementation of MPI Programmes =====
+MPI programs are started with **mpirun** or **mpiexec**. You can learn more about them with the **man mpirun** or **man mpiexec** command.
+A simple (SPMD) program can be started with the following mpirun command line.
+<code>
+$ mpirun foo
+</code>
+Tai naudos visus paskirtus procesorius, pagal tai, kiek jų buvo užsakyta. Jeigu norima pasinaudoti mažiau, tai **mpirun** galima nurodyti parametrą ''-np kiekis''. Nepageidaujama ilgesniam laikui naudoti mažiau, nei rezervuota, nes neišnaudoti CPU lieka laisvi. Didesnį kiekį, nei rezervuotą, yra griežtai draudžiama naudoti, nes tai gali turėti įtakos kitų užduočių vykdymui.
+Daugiau apie instaliuotą **OpenMPI** yra [[https://www.open-mpi.org|OpenMPI]] puslapyje.
+====== Užduočių efektyvumas ======
+  * Prašome išnaudoti ne mažiau 50% užsakyto CPU kiekio.
+  * Naudoti daugiau CPU, nei užsakyta, nepadidins efektyvumo, nes jūsų užduotis galės naudoti tik tiek CPU, kiek buvo užsakyta.
+  * Jeigu naudosite parametrą ''--mem=X'', tai užduotis gali rezervuoti daugiau **CPUs** proporcingai norimos atminties kiekiui. Pvz: užsakius ''--mem=14000'' eilėje **main**, bus užsakyti ne mažiau 2 CPUs, jei kiti parametrai nenurodo daugiau. Jeigu jūsų užduotis naudos mažiau, tai bus neefektyvus resursų naudojimas, be to tai gali veikti lėčiau, nes gali būti naudojama kita, nei vykdančio, procesoriaus atmintis.
+====== Resursų limitai ======
+Jeigu jūsų užduotys nestartuoja su priežastimi **AssocGrpCPUMinutesLimit** arba **AssocGrpGRESMinutes**,
+ tai pasitikrinkite ar užduotims dar liko neišnaudotų CPU/GPU resursų iš (mėnesio) limito.
+Peržiūrėti kiek išnaudota resursų
+<code>
+sreport -T cpu,mem,gres/gpu cluster AccountUtilizationByUser Start=0101 End=0131 User=USERNAME
+</code>
+kur **USERNAME** jūsų MIF naudotojo vardas, o **Start** ir **End** nurodo einamojo mėnesio pradžios ir pabaigos datas. Jas galima nurodyti ir kaip ''$(date +%m01)'' ir ''$(date +%m31)'', kas nurodo einamojo mėnesio pirmą ir paskutines dienas.
+Atkreipkite dėmesį, kad naudojimas pateikiamas minutėmis, o į valandas konvertuoti reikia dalinant iš 60.
+Kitas būdas pažiūrėti limitus ir jų išnaudojimą
+<code>
+sshare -l -A USERNAME_mif -p -o GrpTRESRaw,GrpTRESMins,TRESRunMins
+</code>
+kur **USERNAME** MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą sąskaitą (account), kurio naudojimą norima pažiūrėti. Duomenys pateikiami minutėmis. **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota. **GrpTRESMins** - koks yra limitas. **TRESRunMins** - likę resursai dar vis vykdomų užduočių.