en:hpc
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revisionNext revisionBoth sides next revision | ||
en:hpc [2022/07/04 08:33] – [Batch Processing of Tasks (SLURM)] grikiete | en:hpc [2022/07/05 10:11] – [GPU užduotys (SLURM)] grikiete | ||
---|---|---|---|
Line 119: | Line 119: | ||
</ | </ | ||
- | After submission and confirmation of your application to the ITOAC services, you need to create a user at https:// | + | After submission and confirmation of your application to the ITOAC services, you need to create a user at https:// |
<code shell mpi-test-job.sh> | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
Line 133: | Line 133: | ||
- | Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui. | + | It contains instructions for the task performer as special |
- | -p short - į kokią eilę siųsti | + | -p short - which queue to send to (main, gpu, power). |
- | -n4 - kiek procesorių rezervuoti | + | -n4 - how many processors to reserve |
- | Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas | + | The initial running directory of the task is the current directory |
- | Suformuotą scenarijų siunčiame su komanda | + | The generated script is sent with the command //sbatch//, |
'' | '' | ||
- | kuri gražina pateiktos užduoties numerį | + | which returns the number of the submitted job **JOBID**. |
- | Laukiančios arba vykdomos užduoties būseną galima sužinoti su komanda | + | The status of a pending or ongoing task can be checked with the command //squeue// |
'' | '' | ||
- | Su komanda | + | With the //scancel// command it is possible to cancel the running of a task or to remove it from the queue |
'' | '' | ||
- | Jeigu neatsimenate savo užduočių | + | If you forgot your tasks **JOBID**, |
'' | '' | ||
- | Užbaigtų užduočių | + | Completed tasks are no longer displayed in **squeue**. |
- | Jeigu nurodytas procesorių kiekis nėra pasiekiamas, tai jūsų užduotis yra įterpiama į eilę. Joje ji bus kol atsilaisvins pakankamas kiekis procesorių arba kol jūs ją pašalinsite su **scancel**. | + | If the specified number of processors is not available, your task is added to the queue. It will remain in the queue until a sufficient number of processors become available or until you remove it with **scancel**. |
- | Vykdomos užduoties išvestis (**output**) yra įrašoma į failą | + | The **output** |
- | Daugiau apie SLURM galimybes galite paskaityti | + | More about SLURM opportunities you can read [[https:// |
+ | |||
+ | ====== Interactive Tasks (SLURM) ====== | ||
+ | |||
+ | Interactive tasks can be done with the //srun// command: | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | $ srun --pty $SHELL | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | The above command will connect you to the compute node environment assigned to SLURM and allow you to directly run and debug programs on it. | ||
+ | |||
+ | After the commands are done disconnect from the compute node with the command | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | $ exit | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | If you want to run graphical programs, you need to connect to **ssh -X** to **uosis.mif.vu.lt** and **hpc**: | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | $ ssh -X uosis.mif.vu.lt | ||
+ | $ ssh -X hpc | ||
+ | $ srun --pty $SHELL | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | In **power** cluster interactive tasks can be performed with | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | $ srun -p power --mpi=none --pty $SHELL | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ====== GPU Tasks(SLURM) ====== | ||
+ | |||
+ | To use GPU you need to specify additionally < | ||
+ | |||
+ | Su '' | ||
+ | |||
+ | Pavyzdys interaktyvios užduoties su 1 GPU: | ||
+ | < | ||
+ | $ srun -p gpu --gres gpu --pty $SHELL | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ====== Įvadas į OpenMPI ====== | ||
+ | |||
+ | Ubuntu 18.04 LTS yra **2.1.1** versijos OpenMPI paketai. | ||
+ | Norint pasinaudoti naujesne **4.0.1** versija reikia naudoti | ||
+ | < | ||
+ | module load openmpi/ | ||
+ | </ | ||
+ | prieš vykdant MPI komandas. | ||
+ | |||
+ | ===== MPI programų kompiliavimas ===== | ||
+ | |||
+ | Paprastos MPI programos pavyzdys yra kataloge ''/ | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | $ mpicc -o foo foo.c | ||
+ | $ mpif77 -o foo foo.f | ||
+ | $ mpif90 -o foo foo.f | ||
+ | </ | ||
+ | ===== MPI programų vykdymas ===== | ||
+ | |||
+ | MPI programos startuojamos su **mpirun** arba **mpiexec** programa. Daugiau apie jas galima sužinoti su komanda **man mpirun** arba **man mpiexec**. | ||
+ | |||
+ | Paprasta (SPMD) programa gali būti startuojama su tokia mpirun komandų eilute. | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | $ mpirun foo | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Tai naudos visus paskirtus procesorius, | ||
+ | |||
+ | Daugiau apie instaliuotą **OpenMPI** yra [[https:// | ||
+ | |||
+ | ====== Užduočių efektyvumas ====== | ||
+ | |||
+ | * Prašome išnaudoti ne mažiau 50% užsakyto CPU kiekio. | ||
+ | * Naudoti daugiau CPU, nei užsakyta, nepadidins efektyvumo, nes jūsų užduotis galės naudoti tik tiek CPU, kiek buvo užsakyta. | ||
+ | * Jeigu naudosite parametrą '' | ||
+ | |||
+ | ====== Resursų limitai ====== | ||
+ | |||
+ | Jeigu jūsų užduotys nestartuoja su priežastimi **AssocGrpCPUMinutesLimit** arba **AssocGrpGRESMinutes**, | ||
+ | tai pasitikrinkite ar užduotims dar liko neišnaudotų CPU/GPU resursų iš (mėnesio) limito. | ||
+ | |||
+ | Peržiūrėti kiek išnaudota resursų | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | sreport -T cpu, | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | kur **USERNAME** jūsų MIF naudotojo vardas, o **Start** ir **End** nurodo einamojo mėnesio pradžios ir pabaigos datas. Jas galima nurodyti ir kaip '' | ||
+ | |||
+ | Atkreipkite dėmesį, kad naudojimas pateikiamas minutėmis, o į valandas konvertuoti reikia dalinant iš 60. | ||
+ | |||
+ | Kitas būdas pažiūrėti limitus ir jų išnaudojimą | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | sshare -l -A USERNAME_mif -p -o GrpTRESRaw, | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | kur **USERNAME** MIF naudotojo vardas. Arba parametre **-A** nurodyti tą sąskaitą (account), kurio naudojimą norima pažiūrėti. Duomenys pateikiami minutėmis. **GrpTRESRaw** - kiek išnaudota. **GrpTRESMins** - koks yra limitas. **TRESRunMins** - likę resursai dar vis vykdomų užduočių. | ||
en/hpc.txt · Last modified: 2024/02/21 12:50 by rolnas