Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- en:hpc [2022/07/04 08:17] – grikiete
+++ en:hpc [2022/07/04 09:48] – [Batch Processing of Tasks (SLURM)] grikiete
@@ Line 104: / Line 104: @@
 The **RAM** column gives the amount of RAM allocated to each reserved **CPU** core.
-====== Paketinis užduočių vykdymas (SLURM) ======
+====== Batch Processing of Tasks (SLURM) ======
-Norint pasinaudoti PST skaičiavimo resursais, reikia formuoti užduočių scenarijus (sh arba csh).
+To use computing resources of the HPC, you need to create task scenarios (sh or csh).
-Pavyzdys:
+Example:
 <code shell mpi-test-job.sh>
@@ Line 119: / Line 119: @@
 </code>
-Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas" (taikomas ne VU MIF naudotojams, VU MIF naudotojai -- account parametro nurodyti neturi).
+After submission and confirmation of your application to the ITOAC services, you need to create a user at https://hpc.mif.vu.lt/. The created user will be included in the relevant project, which will have a certain amount of resources. In order to use the project resources for calculations, you need to provide your allocation number. Below is an example with the allocation parameter "alloc_xxxx_project" (not applicable for VU MIF users, VU MIF users do not have to specify the --account parameter).
 <code shell mpi-test-job.sh>
@@ Line 133: / Line 133: @@
-Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui.
+It contains instructions for the task performer as special comments.
- -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power).
+ -p short - which queue to send to (main, gpu, power).
- -n4 - kiek procesorių rezervuoti (**PASTABA:** nustačius naudotinų branduolių skaičių x, tačiau realiai programiškai išnaudojant mažiau, apskaitoje vis tiek bus skaičiuojami visi x "užprašyti" branduoliai, todėl rekomenduojame apsiskaičiuoti iš anksto).
+ -n4 - how many processors to reserve (**NOTE:** if you set the number of cores to be used to x, but actually use fewer cores programmatically, the accounting will still count all the x "requested" cores, so we recommend to calculate this in advance).
-Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/scratch/lustre**, nes jis turi egzistuoti skaičiavimo mazge ir ten yra kuriamas užduoties išvesties failas **slurm-JOBID.out**, nebent nukreiptas kitur parametrais -o arba -i (jiems irgi patariama naudoti bendrą failų sistemą).
+The initial running directory of the task is the current directory (**pwd**) on the login node from where the task is run, unless it was changed to another directory by the -D parameter. For the initial running directory, use the HPC shared filesystem directories **/scratch/lustre**, as it must exist on the compute node and the job output file **slurm-JOBID.out** is created there, unless redirected by -o or -i (for these it is advisable to use the shared filesystem as well).
-Suformuotą scenarijų siunčiame su komanda sbatch
+The generated script is sent with the command //sbatch//,
 ''$ sbatch mpi-test-job''
-kuri gražina pateiktos užduoties numerį **JOBID**.
+which returns the number of the submitted job **JOBID**.
-Laukiančios arba vykdomos užduoties būseną galima sužinoti su komanda squeue
+The status of a pending or ongoing task can be checked with the command //squeue//
 ''$ squeue -j JOBID''
-Su komanda scancel galima nutraukti užduoties vykdymą arba išimti ją iš eilės
+With the //scancel// command it is possible to cancel the running of a task or to remove it from the queue
 ''$ scancel JOBID''
-Jeigu neatsimenate savo užduočių **JOBID**, tai galite pasižiūrėti su komanda **squeue**
+If you forgot your tasks **JOBID**, you can check them with the command //squeue//
 ''$ squeue''
-Užbaigtų užduočių **squeue** jau neberodo.
+Completed tasks are no longer displayed in **squeue**.
-Jeigu nurodytas procesorių kiekis nėra pasiekiamas, tai jūsų užduotis yra įterpiama į eilę. Joje ji bus kol atsilaisvins pakankamas kiekis procesorių arba kol jūs ją pašalinsite su **scancel**.
+If the specified number of processors is not available, your task is added to the queue. It will remain in the queue until a sufficient number of processors become available or until you remove it with **scancel**.
-Vykdomos užduoties išvestis (**output**) yra įrašoma į failą **slurm-JOBID.out**. Jei nenurodyta kitaip, tai ir klaidų (error) išvestis yra įrašoma į tą patį failą. Failų vardus galima pakeisti su komandos **sbatch** parametrais -o (nurodyti išvesties failą) ir -e (nurodyti klaidų failą).
+The **output** of the running job is recorded in the file **slurm-JOBID.out**. The error output is written to the same file unless you specified somewhere else. The file names can be changed with the **sbatch** command parameters -o (specify the output file) and -e (specify the error file).
-Daugiau apie SLURM galimybes galite paskaityti [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|Quick Start User Guide]].
+More about SLURM opportunities you can read [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|Quick Start User Guide]].