Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- en:hpc [2022/07/04 08:16] – [PST Partition] grikiete
+++ en:hpc [2022/07/04 08:17] – grikiete
@@ Line 104: / Line 104: @@
 The **RAM** column gives the amount of RAM allocated to each reserved **CPU** core.
+====== Paketinis užduočių vykdymas (SLURM) ======
+Norint pasinaudoti PST skaičiavimo resursais, reikia formuoti užduočių scenarijus (sh arba csh).
+Pavyzdys:
+<code shell mpi-test-job.sh>
+#!/bin/bash
+#SBATCH -p main
+#SBATCH -n4
+module load openmpi
+mpicc -o mpi-test mpi-test.c
+mpirun mpi-test
+</code>
+Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https://hpc.mif.vu.lt/. Sukurtas naudotojas bus įtrauktas į atitinkamą projektą, kuris turės tam tikrą kiekį resursų. Norint naudoti projekto resursus atliekant skaičiavimus reikia nurodyti savo alokacijos numerį. Žemiau pateiktas pavyzdys su nustatytu alokacijos parametru "alloc_xxxx_projektas" (taikomas ne VU MIF naudotojams, VU MIF naudotojai -- account parametro nurodyti neturi).
+<code shell mpi-test-job.sh>
+#!/bin/bash
+#SBATCH --account=alloc_xxxx_projektas
+#SBATCH -p main
+#SBATCH -n4
+#SBATCH --time=minutes
+module load openmpi
+mpicc -o mpi-test mpi-test.c
+mpirun mpi-test
+</code>
+Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui.
+ -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power).
+ -n4 - kiek procesorių rezervuoti (**PASTABA:** nustačius naudotinų branduolių skaičių x, tačiau realiai programiškai išnaudojant mažiau, apskaitoje vis tiek bus skaičiuojami visi x "užprašyti" branduoliai, todėl rekomenduojame apsiskaičiuoti iš anksto).
+Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/scratch/lustre**, nes jis turi egzistuoti skaičiavimo mazge ir ten yra kuriamas užduoties išvesties failas **slurm-JOBID.out**, nebent nukreiptas kitur parametrais -o arba -i (jiems irgi patariama naudoti bendrą failų sistemą).
+Suformuotą scenarijų siunčiame su komanda sbatch
+''$ sbatch mpi-test-job''
+kuri gražina pateiktos užduoties numerį **JOBID**.
+Laukiančios arba vykdomos užduoties būseną galima sužinoti su komanda squeue
+''$ squeue -j JOBID''
+Su komanda scancel galima nutraukti užduoties vykdymą arba išimti ją iš eilės
+''$ scancel JOBID''
+Jeigu neatsimenate savo užduočių **JOBID**, tai galite pasižiūrėti su komanda **squeue**
+''$ squeue''
+Užbaigtų užduočių **squeue** jau neberodo.
+Jeigu nurodytas procesorių kiekis nėra pasiekiamas, tai jūsų užduotis yra įterpiama į eilę. Joje ji bus kol atsilaisvins pakankamas kiekis procesorių arba kol jūs ją pašalinsite su **scancel**.
+Vykdomos užduoties išvestis (**output**) yra įrašoma į failą **slurm-JOBID.out**. Jei nenurodyta kitaip, tai ir klaidų (error) išvestis yra įrašoma į tą patį failą. Failų vardus galima pakeisti su komandos **sbatch** parametrais -o (nurodyti išvesties failą) ir -e (nurodyti klaidų failą).
+Daugiau apie SLURM galimybes galite paskaityti [[https://slurm.schedmd.com/quickstart.html|Quick Start User Guide]].