en:hpc
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revisionNext revisionBoth sides next revision | ||
en:hpc [2022/07/04 08:09] – grikiete | en:hpc [2022/07/04 08:17] – grikiete | ||
---|---|---|---|
Line 93: | Line 93: | ||
Please use these directories only for their purpose and clean them up after calculations. | Please use these directories only for their purpose and clean them up after calculations. | ||
- | ====== | + | ====== |
- | ^Eilė (partition) | + | ^Partition |
- | ^main | + | ^main |
- | ^gpu ^48h | + | ^gpu ^48h |
- | ^power | + | ^power |
- | Visose eilėse užduotims laiko limitas yra **2h**, jei jis nebuvo nurodytas, o lentelėje yra pateiktas maksimalus leidžiamas laiko limitas. | + | The time limit for tasks is **2h** |
- | **RAM** | + | The **RAM** |
+ | |||
+ | ====== Paketinis užduočių vykdymas (SLURM) ====== | ||
+ | |||
+ | Norint pasinaudoti PST skaičiavimo resursais, reikia formuoti užduočių scenarijus (sh arba csh). | ||
+ | |||
+ | Pavyzdys: | ||
+ | |||
+ | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
+ | # | ||
+ | #SBATCH -p main | ||
+ | #SBATCH -n4 | ||
+ | module load openmpi | ||
+ | mpicc -o mpi-test mpi-test.c | ||
+ | mpirun mpi-test | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Pateikus paraišką ITAPC ir gavus teigimą sprendimą, reikia susikurti naudotoją https:// | ||
+ | |||
+ | <code shell mpi-test-job.sh> | ||
+ | # | ||
+ | #SBATCH --account=alloc_xxxx_projektas | ||
+ | #SBATCH -p main | ||
+ | #SBATCH -n4 | ||
+ | #SBATCH --time=minutes | ||
+ | module load openmpi | ||
+ | mpicc -o mpi-test mpi-test.c | ||
+ | mpirun mpi-test | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | Jame kaip specialūs komentarai yra nurodymai užduočių vykdytojui. | ||
+ | |||
+ | -p short - į kokią eilę siųsti (main, gpu, power). | ||
+ | |||
+ | -n4 - kiek procesorių rezervuoti (**PASTABA: | ||
+ | |||
+ | Užduoties pradinis einamasis katalogas yra dabartinis katalogas (**pwd**) prisijungimo mazge iš kur paleidžiama užduotis, nebent parametru -D pakeistas į kitą. Pradiniam einamajam katalogui naudokite PST bendros failų sistemos katalogus **/ | ||
+ | |||
+ | Suformuotą scenarijų siunčiame su komanda sbatch | ||
+ | |||
+ | '' | ||
+ | |||
+ | kuri gražina pateiktos užduoties numerį **JOBID**. | ||
+ | |||
+ | Laukiančios arba vykdomos užduoties būseną galima sužinoti su komanda squeue | ||
+ | |||
+ | '' | ||
+ | |||
+ | Su komanda scancel galima nutraukti užduoties vykdymą arba išimti ją iš eilės | ||
+ | |||
+ | '' | ||
+ | |||
+ | Jeigu neatsimenate savo užduočių **JOBID**, tai galite pasižiūrėti su komanda **squeue** | ||
+ | |||
+ | '' | ||
+ | |||
+ | Užbaigtų užduočių **squeue** jau neberodo. | ||
+ | |||
+ | Jeigu nurodytas procesorių | ||
+ | |||
+ | Vykdomos užduoties išvestis (**output**) yra įrašoma į failą **slurm-JOBID.out**. Jei nenurodyta kitaip, tai ir klaidų (error) išvestis yra įrašoma į tą patį failą. Failų vardus galima pakeisti su komandos **sbatch** parametrais -o (nurodyti išvesties failą) ir -e (nurodyti klaidų failą). | ||
+ | |||
+ | Daugiau apie SLURM galimybes galite paskaityti [[https:// | ||
en/hpc.txt · Last modified: 2024/02/21 12:50 by rolnas