IT wiki

VU MIF STSC

User Tools

Site Tools


superkompiuteris:comsol

Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision
Previous revision
superkompiuteris:comsol [2018/11/26 08:05] eduardassuperkompiuteris:comsol [2019/12/20 09:07] (esamas) eduardas
Linija 4: Linija 4:
 Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su "**module load**" komanda prieš atliekant skaičiavimus su juo.  Nuo 2018-11-23 superkompiuteryje reikia užsikrauti reikiamą Comsol versiją su "**module load**" komanda prieš atliekant skaičiavimus su juo. 
   * Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - "**module avail**"   * Pasitikrinti galimus modulius naudokite komandą - "**module avail**"
-  * Norint užsikrauti O.Štikonienei tinkamą modulį- "**module load comsol/5.4_s**",  +  * Norint užsikrauti O.Štikonienei ir K.Pilecko tyrimų grupei tinkamą modulį - "**module load comsol/5.4_s**",  
-  * T.Railai tinkamą Comsol modulį- "**module load comsol/5.4_r**"+  * T.Railai tinkamą Comsol modulį - "**module load comsol/5.4_r**"
  
-Comsol pradinių failų paruošimas galima būti atliekamas keliais būdais: +**I. Comsol pradinių failų paruošimas** gali būti atliekamas pasileidžiant Comsol keliais būdais: 
-  - Susiinstaliuoti Comsol savo kompiuteryje ir jame sugeneruoti+  - Susiinstaliuoti Comsol savo kompiuteryje, instaliuojat reikia nurodyti licencijų serverį "**flexcomsol.mif**" ir prievadą (port) "**1718**". Licencijų serveris pasiekimamas tik MIF'e prisijungus laidu prie MIF vidinio tinklo ir gavus IP adresą 192.168.*.*.
   - Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**"   - Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**"
   - Iš Windows kompiuterio:   - Iš Windows kompiuterio:
-     Prisijungti prie uosis.mif.vu.lt RDP protokolu {{:superkompiuteris:rdp_uosis.jpg?400|}} +     Vidiniame MIF tinkle arba per SSH tunelį prisijungti prie linux1.mif (arba linux2mif)RDP protokolu {{:superkompiuteris:linux1.jpg?600|}} 
-     * Prisijungti prie Linux serverio {{:superkompiuteris:rdp_uosis_2.jpg?400|}}+     * Prisijungti prie Linux serverio {{:superkompiuteris:rdp_uosis_2.jpg?600|}}
      * Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{:superkompiuteris:rdp_uosis_linux.jpg?400|}}      * Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{:superkompiuteris:rdp_uosis_linux.jpg?400|}}
 <code>ssh -X cluster <code>ssh -X cluster
Linija 19: Linija 19:
  
  
-Prisijungiame prie Superkompiuterio: 
- 
-Pasileidžiame Comsol: 
-module load comsol/5.4_s 
-comsol 
  
  
-1. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai. Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti "Distribute parameters" opciją (prisegu screenshot'ą). Bet kitokio modelio atveju gali būti ir kažkaip kitaip.+**II. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai.** Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti "Distribute parameters" opciją (prisegu screenshot'ą). Bet kitokio modelio atveju gali būti ir kažkaip kitaip.
 {{:superkompiuteris:screenshot_from_2018-10-17_21-30-31.png?800|}} {{:superkompiuteris:screenshot_from_2018-10-17_21-30-31.png?800|}}
  
-2. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu. Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu:+**III. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu.** Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu:
 https://mif.vu.lt/cluster/#login https://mif.vu.lt/cluster/#login
  
-3. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. Skripto +**IV. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. ** 
-pavyzdys:+Skripto pavyzdys:
 <code> <code>
 #!/bin/bash #!/bin/bash
Linija 41: Linija 36:
 #SBATCH --cpus-per-task=12 #SBATCH --cpus-per-task=12
 #SBATCH -C alpha #SBATCH -C alpha
-comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 +module load comsol/5.4_r 
-batch -inputfile modelis.mph -batchlog modelis.log+comsol -mpibootstrap slurm -mpifabrics tcp:tcp -nn 5 -nnhost 1 -np 12 batch -inputfile modelis.mph -outputfile modelio_sprendimas.mph -batchlog modelis.log
 </code> </code>
  
Linija 49: Linija 44:
 Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. "job.sh". Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. "job.sh".
  
-4. Sukurti SLURM užduotį:+**V. Sukurti SLURM užduotį:**
 <code> sbatch job.sh </code> <code> sbatch job.sh </code>
  
Linija 61: Linija 56:
  sbatch job.sh </code>  sbatch job.sh </code>
  
-5. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, atsidaryti su COMSOL ir rezultatus eksportuoti norimu formatu. Arba dar galima iš anksto modelyje sukonfigūruoti eksportavimą į .csv failą (Results -> Export), tokiu atveju rezultatai turėtų atsirasti modelio kataloge po skaičiavimų. +**VI. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams**, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, atsidaryti su COMSOL ir rezultatus eksportuoti norimu formatu. Arba dar galima iš anksto modelyje sukonfigūruoti eksportavimą į .csv failą (Results -> Export), tokiu atveju rezultatai turėtų atsirasti modelio kataloge po skaičiavimų.
- +
- +
-Tai trumpai būtų tiek, pabandykite, jei kažkas nesigaus - kreipkitės. +
- +
- +
  
superkompiuteris/comsol.1543219528.txt.gz · Keista: 2018/11/26 08:05 vartotojo eduardas

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki