Skirtumai

Čia matote skirtumus tarp pasirinktos versijos ir esamo dokumento.

--- superkompiuteris:comsol [2018/11/26 08:29] – eduardas
+++ superkompiuteris:comsol [2019/02/28 12:41] – eduardas
@@ Linija 7: / Linija 7: @@
   * T.Railai tinkamą Comsol modulį - "**module load comsol/5.4_r**"
-Comsol pradinių failų paruošimas galima būti atliekamas pasileidžiant Comsol keliais būdais:
+**I. Comsol pradinių failų paruošimas** gali būti atliekamas pasileidžiant Comsol keliais būdais:
   - Susiinstaliuoti Comsol savo kompiuteryje, instaliuojat reikia nurodyti licencijų serverį "**flexcomsol.mif**" ir prievadą (port) "**1718**". Licencijų serveris pasiekimamas tik MIF'e prisijungus laidu prie MIF vidinio tinklo ir gavus IP adresą 192.168.*.*.
   - Turint Linux sistemą galima pasileisti Comsol nuotoliniu būdu iš MIF SK su komanda "**ssh -X cluster**"
   - Iš Windows kompiuterio:
-     * Prisijungti prie uosis.mif.vu.lt RDP protokolu {{:superkompiuteris:rdp_uosis.jpg?400|}}
+     * Prisijungti prie linux1.mif (arba linux2mif)RDP protokolu {{:superkompiuteris:linux1.jpg?600|}} - Tik vidiniame MIF tinkle arba per SSH tunelį.
      * Prisijungti prie Linux serverio {{:superkompiuteris:rdp_uosis_2.jpg?600|}}
      * Prisijungti prie Cluster serverio ir pasileisti terminalą ir jame Comsol {{:superkompiuteris:rdp_uosis_linux.jpg?400|}}
@@ Linija 21: / Linija 21: @@
-**I.** Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai. Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti "Distribute parameters" opciją (prisegu screenshot'ą). Bet kitokio modelio atveju gali būti ir kažkaip kitaip.
+**II. Pirmiausia COMSOL modelyje reikėtų numatyti, kaip galėtų būti lygiagretinami skaičiavimai.** Mano atveju yra atliekama serija nepriklausomų skaičiavimų pagal tam tikro parametro reikšmę, todėl jie gali būti išskirstomi per pasirinktą kiekį skaičiavimo mazgų. Tam man užteko pažymėti "Distribute parameters" opciją (prisegu screenshot'ą). Bet kitokio modelio atveju gali būti ir kažkaip kitaip.
 {{:superkompiuteris:screenshot_from_2018-10-17_21-30-31.png?800|}}
-**II.** Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu. Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu:
+**III. Prisijungti prie superkompiuterio per SSH, įsikelti modelį, išsaugotą .mph formatu.** Daugiau informacijos apie prisijungimą ir darbą su superkompiuteriu:
 https://mif.vu.lt/cluster/#login
-**III.** Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. Skripto
+**IV. Susikurti SLURM užduoties skriptą, paleidžiantį įkeltą modelį. **
-pavyzdys:
+Skripto pavyzdys:
 <code>
 #!/bin/bash
@@ Linija 45: / Linija 45: @@
 Skriptą išsaugoti tame pačiame kataloge, kur įkeltas modelio failas, pavadinti pvz. "job.sh".
-**IV.** Sukurti SLURM užduotį:
+**V. Sukurti SLURM užduotį:**
 <code> sbatch job.sh </code>
@@ Linija 57: / Linija 57: @@
  sbatch job.sh </code>
-**V.** Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, atsidaryti su COMSOL ir rezultatus eksportuoti norimu formatu. Arba dar galima iš anksto modelyje sukonfigūruoti eksportavimą į .csv failą (Results -> Export), tokiu atveju rezultatai turėtų atsirasti modelio kataloge po skaičiavimų.
+**VI. Sėkmingai pasibaigus skaičiavimams**, tame pačiame kataloge turėtų atsirasti kitas, didesnis .mph failas. Jį galima parsisiųsti, atsidaryti su COMSOL ir rezultatus eksportuoti norimu formatu. Arba dar galima iš anksto modelyje sukonfigūruoti eksportavimą į .csv failą (Results -> Export), tokiu atveju rezultatai turėtų atsirasti modelio kataloge po skaičiavimų.