Pereiti prie turinio. | Pereiti prie navigacijos

National Grid Initiatives
Asmeniniai įrankiai
Prisijungimas
This is SunRain Plone Theme
Jūs esate čia: Pradžia Naudotojams Naudotojo vadovas Trumpas R paketo naudotojo vadovas

Trumpas R paketo naudotojo vadovas

Turint CA patvirtinta sertifikatą ir užsiregistravus balticgrid VO galima skaičiuoti R užduotis. Pirmosios komandos reikalingos darbui yra šios:

  1. Prisijungti per ssh prie Linux sistemos, kuri turi suinstaliuota gLite (ar LCG) UI pvz.:
    ssh ui.balticgrid.org
  2. Susikuriame proxy sertifikatą
    voms-proxy-init -voms balticgrid
  3. Susikuriame ilgalaikį proxy sertifikatą, jei užduotis truks ilgiau nei 12 valandų.
    myproxy-init -s grid3.mif.vu.lt -c 100  -d -n
  4. Atitinkamos virtualios organizacijos skaičiavimo elementų informacija, išsirenkame tinkamą klasterį skaičiavimams:
    lcg-infosites --vo balticgrid ce
  5. jei reikia išvalome senų užduočių ID:
    rm -f jobs
    arba tiesiog paredaguojame jobs failiuka ir pašaliname nereikalingus įrašus.
  6. Užduoties paleidimas GRID'e:
    glite-wms-job-submit -a -o jobs test.jdl
    paleidus užduotį pranešamas (ir išsaugomas jobs failo gale) unikalus užduoties ID, kuris atrodo maždaug taip:
    https://grid3.mif.vu.lt:9000/9iZO7OWiFfRdUnK5x
    jis reikalingas norint pasižiūrėti užduoties būseną ir gauti rezultatą.
  7. Užduoties failų pavyzdys:
    test.jdl
    MyProxyServer = "grid3.mif.vu.lt";
    Executable = "test.sh";
    StdOutput = "r.out";
    StdError = "r.err";
    InputSandbox = {"test.sh","uzduotis.R"};
    OutputSandbox = {"r.out","r.err","r.tgz"};
    PerusalFileEnable=true;
    PerusalTimeInterval=30;
    RetryCount = 0;
    ShallowRetryCount = 0;
    
    Requirements = Member("VO-balticgrid-A-MATH-R-2.5.1", 
                   other.GlueHostApplicationSoftwareRunTimeEnvironment);
    
    test.sh 
    !/bin/sh -x
    . "$VO_BALTICGRID_SW_DIR/A-MATH-R-2.5.1/env.sh"
    
    echo "Informacija apie kompiuterį:"
    hostname
    uname -a
    
    echo "Informacija apie kompiuterio procesorių:"
    cat /proc/cpuinfo
    
    echo "Informacija apie kompiuterio atmintį:"
    cat /proc/meminfo
    echo "-------------------------"
    
    echo "Informacija apie R:"
    R --version
    
    echo "Leidziam uždavinį:"
    R --no-save < uzduotis.R
    
    tar --exclude r.out --exclude r.err --remove-files -zcvf r.tgz *
    exit 0
    
    uzduotis.R
    N=10
    for (i in 1:N)
    {
      print(i*i)
    }
  8. Užduoties būsenos informacija imant užduočių ID iš failo "jobs":
    glite-wms-job-status -i jobs
    arba nurodant užduoties ID:
    glite-wms-job-status https://užduoties ID
  9. Naudojant glite-wms* komandas yra galimybė pasižiūrėti tarpinę užduoties vykdymo informaciją. Tam reikia ijungti perusal galimybę užduoties jdl faile, nustatyti kuriuos failus norėsime peržiūrėti (šiuo atveju r.out ir r.err):
    glite-wms-job-perusal --set -f r.out -f r.err https://užduoties ID
    pasitikrinam tarpinius užduoties duomenis komanda:
    glite-wms-job-perusal --get -f r.out https://užduoties ID
  10. Užduoties rezultatų susigražinimas:
    glite-wms-job-output -i jobs 
    arba nurodant užduoties ID:
    glite-wms-job-output https://užduoties ID