Pereiti prie turinio. | Pereiti prie navigacijos

National Grid Initiatives
Asmeniniai įrankiai
Prisijungimas
This is SunRain Plone Theme
Jūs esate čia: Pradžia Naudotojams Naudotojo vadovas Trumpas GAMESS naudotojo vadovas

Trumpas GAMESS naudotojo vadovas

Turint CA patvirtinta sertifikatą ir užsiregistravus gamess VO galima skaičiuoti GAMESS užduotis. Pirmosios komandos reikalingos darbui yra šios:

  1. Prisijungti per ssh prie Linux sistemos, kuri turi suinstaliuota gLite (ar LCG) UI pvz.:
    ssh ui.balticgrid.org
  2. Atitinkamos virtualios organizacijos skaičiavimo elementų informacija, išsirenkame tinkamą klasterį skaičiavimams:
    lcg-infosites --vo gamess ce
  3. Užduoties paleidimas GRID'e: išvalome senų užduočių ID
    rm -f jobs
    glite-wms-job-submit -a -o jobs gamess.jdl
    Leidžiant į specifini klasterį:
    glite-wms-job-submit -a -o jobs -r grid4.mif.vu.lt:2119/jobmanager-lcgpbs-long gamess.jdl
    
    paleidus užduotį pranešamas unikalus užduoties ID, kuris atrodo maždaug taip:
    https://wms.mif.vu.lt:9000/9iZO7OWiFfRdUnK5x
    jis reikalingas norint pasižiūrėti užduoties būseną ir gauti rezultatą.
  4. Užduoties failų pavyzdys:
    gamess.jdl
    Executable      = "/bin/csh";
    CpuNumber       = 4;
    RetryCount      = 0;
    lrms_type       = "pbs";
    MyProxyServer   = "grid3.mif.vu.lt";
    Arguments       = "gamess.csh";
    StdOutput	= "gamess.out";
    StdError	= "gamess.err";
    InputSandbox	= {"gamess.csh", "gamess.inp"};
    OutputSandbox	= {"gamess.out", "gamess.err", "gamess.log", "gamess.dat"};
    Requirements    = Member("GAMESS",other.GlueHostApplicationSoftwareRunTimeEnvironment);
    #Requirements    = other.GlueCEUniqueID == "grid6.mif.vu.lt:2119/jobmanager-lcgpbs-gamess";
    gamess.csh 
    #!/bin/csh
    #set echo
    $VO_GAMESS_SW_DIR/GAMESS/rungms gamess.inp >& gamess.log
    exit 0
  5. Užduoties būsenos informacija imant užduočių ID iš failo "jobs":
    glite-wms-job-status -i jobs
    su skriptu:
    mon-status
    #!/bin/sh
    status=""
    while true
    do
      rez="`yes a|glite-wms-job-status $*`"
      if [ "$rez" != "$status" ]; then
        echo "$rez"
        status="$rez"
        if echo "$status" | grep "^Current Status:" | grep "Done" >/dev/null; then
          break
        fi
      fi
      sleep 5
    done
    galima tikrinti darbo būseną iki ji pasikeičia iki reikiamos:
    ./mon-status -i jobs
  6. Užduoties rezultatų susigražinimas į nurodytą katalogą:
    glite-wms-job-output --dir . -i jobs 
  7. Keli pavyzdiniai failai: http://grid.mif.vu.lt/gamess/user/