|
|||||||||||||||||||||||||||||
|
OpenMPIDebian distribucijoje OpenMPI palaiko procesų paleidimą per Slurm. Neleiskite MPI užduočių telkinyje alpha jeigu skaičiavimų metu bus apsikeičiama daug duomenų, nes ten MPI gali naudoti tik 1Gbit/s tinklą. mpirun ir mpiexec yra programos, kurios realiai vykdo Slurm'o srun ir palaiko nevisus OpenMPI procesų paleidimo scenarijus (SPMD turėtų veikti be problemų).
Jeigu jums reikia originalių OpenMPI paleidimo programų,
jos yra mpirun.openmpi ir mpiexec.openmpi, bet jos užduotyje paleidžia procesus
per vieną paleidėją kiekviename mazge, todėl tai efektyviai veiks tik kai nurodysite
Slurm paleisti po vieną užduotį kiekviename mazge su visais to mazgo procesoriais
Daugiau informacijos apie OpenMPI kurėjų puslapyje. Tipiškas darbo su OpenMPI scenarijus$ ssh rona1043@uosis.mif.vu.lt rona1043@uosis.mif.vu.lt's password: Linux linux4 2.6.32-5-xen-amd64 #1 SMP Mon Jan 16 20:48:30 UTC 2012 x86_64 ... Last login: Fri Mar 9 14:49:50 2012 from matrix.mif rona1043@linux4:~$ klist Ticket cache: FILE:/tmp/krb5cc_11043_o28366 Default principal: rona1043@MIF Valid starting Expires Service principal 03/10/12 10:35:26 03/11/12 10:35:12 krbtgt/MIF@MIF rona1043@linux4:~$ ssh cluster Linux lxibm102 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Mon Jan 16 16:22:28 UTC 2012 x86_64 ... Last login: Fri Mar 9 15:07:01 2012 from linux4.mif rona1043@lxibm102:~$ mkdir testas rona1043@lxibm102:~$ cd testas rona1043@lxibm102:~/testas$ cp /scratch/lustre/test/openmpi/hello.c . rona1043@lxibm102:~/testas$ cp /scratch/lustre/test/openmpi/hello.sh . rona1043@lxibm102:~/testas$ ls -l total 0 -rw-r--r-- 1 rona1043 rona1043 561 Mar 10 10:51 hello.c -rw-r--r-- 1 rona1043 rona1043 75 Mar 10 10:51 hello.sh rona1043@lxibm102:~/testas$ cat hello.sh #!/bin/sh #SBATCH -p short #SBATCH -n4 mpicc -o hello hello.c mpirun hello rona1043@lxibm102:~/testas$ sbatch hello.sh Submitted batch job 234 rona1043@lxibm102:~/testas$ squeue JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) rona1043@lxibm102:~/testas$ ls -l total 24 -rwxr-xr-x 1 rona1043 rona1043 9297 Mar 10 10:52 hello -rw-r--r-- 1 rona1043 rona1043 561 Mar 10 10:51 hello.c -rw-r--r-- 1 rona1043 rona1043 75 Mar 10 10:51 hello.sh -rw-r--r-- 1 rona1043 rona1043 156 Mar 10 10:52 slurm-234.out rona1043@lxibm102:~/testas$ cat slurm-234.out Hello world! from processor 0 out of 4 Hello world! from processor 2 out of 4 Hello world! from processor 1 out of 4 Hello world! from processor 3 out of 4 rona1043@lxibm102:~/testas$ logout Connection to cluster closed. rona1043@linux4:~$ logout Connection to uosis.mif.vu.lt closed. Hello world programos tekstą ir skripto failą galite rasti /scratch/lustre/test/openmpi kataloge. Nuorodos |
||||||||||||||||||||||||||||
Pastaba. Dalis informacijos šiuose puslapiuose prieinama tik VU MIF kompiuterių tinklo naudotojams, pateikusiems savo VU MIF naudotojo vardą ir slaptažodį.
© 1999 - 2024 VU MIF Skaitmeninių tyrimų ir skaičiavimo centras
| |||||||||||||||||||||||||||||